วันที่ 28 เมษายน พ.ศ. 2547 ในขณะที่กองทัพภาคที่ 4 ประกาศกฎอัยการศึก ในจังหวัดนราธิวาส จังหวัดปัตตานีและ จังหวัดยะลา[11] เกิดความไม่สงบในชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย โดยที่มัสยิดกรือเซะเกิดเหตุการณ์รุนแรงมากที่สุดกล่าวคือมีผู้เสียชีวิตที่มัสยิตกรือเซะมากถึง 34 ศพ รองลงมาคือที่อำเภอสะบ้าย้อย มีผู้เสียชีวิตรวม 19 ศพ อำเภอกรงปีนัง จังหวัดยะลา 17 ศพ อำเภอแม่ลาน จังหวัดปัตตานี 13 ศพอำเภอเมือง จังหวัดยะลา 12 ศพ อำเภอบันนังสตา 8 ศพ อำเภอธารโต 5 ศพ อำเภอหนองจิก จังหวัดปัตตานี 2 ศพ อำเภอรามัน จังหวัดยะลา บาดเจ็บสาหัส 4 ราย[12] โดยกลุ่มผู้ก่อความไม่สงบกระจายกันโจมตีฐานตำรวจ-ทหาร 12 จุด รวมทั้งสองฝ่ายเสียชีวิต 113 ศพ[13] ผู้ก่อการร้าย 108 ศพ เจ้าหน้าที่ 5 ศพในจำนวนนี้เป็นทราบชื่อได้แก่ ส.ท. สามารถ กาบดอนกลาง ส.ต.ท. ชำนาญ อักษรเนียม ส.ต.ต.ณรงค์ชัย พลเดช พลทหาร ดลนิยา แกคอย จ.ส.ต.เลิศศักดิ์ เที่ยงธรรม บาดเจ็บ 6 คน ถูกจับกุม 17 คน บาดเจ็บ 15 นาย[14]

หลังจากเหตุการณ์ดังกล่าวทำให้มัสยิดกรือเซะมีผู้เข้าชมน้อยลงกว่าเก่าก่อน[15]