มัสยิดอัลอักศอ (อาหรับ: المسجد الاقصى‎, อังกฤษ: Al-Aqsa Mosque) เป็นมัสยิดซึ่งตั้งอยู่บนเนินพระวิหารในเขตเมืองเก่าของกรุงเยรูซาเลม ถือเป็นสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ที่สุดลำดับสามของศาสนาอิสลาม ซึ่งในอดีตนั้น อาณาบริเวณนี้ทั้งหมดไม่ว่าจะเป็นโดมเงินหรือโดมทอง, หอสุเหร่าทั้งสี่, ประตูทั้งสิบเจ็ด ล้วนถือว่าเป็นส่วนหนึ่งของมัสยิดอัลอักศอ แต่ในปัจจุบันได้มีการเรียกส่วนต่าง ๆ แยกออกจากกัน มัสยิดอัลอักศอจึงหมายถึงเฉพาะอาคารมัสยิดที่ตั้งอยู่ทางทิศใต้ของโดมทองแห่งเยรูซาเลม ในขณะที่อาณาบริเวณทั้งหมดมีชื่อเรียกว่า อัลฮะเราะมุชชะรีฟ ชาวมุสลิมเชื่อว่าองค์อัลลอฮ์ได้พามุฮัมมัดเดินทางข้ามจากสุเหร่าศักดิ์สิทธิ์ในนครมักกะฮ์มายังอัลอักศอ (เรียกเหตุการณ์นี้ว่า อิสรออ์) และมุฮัมมัดถูกรับขึ้นสู่สวรรค์ไปพบอัลลอฮ์จากมัสยิดแห่งนี้ (เรียกเหตุการณ์นี้ว่า เมียะอ์รอจญ์)เดิมที มัสยิดแห่งนี้เป็นเพียงศาลาหลังเล็ก ๆ ที่สร้างขึ้นโดยอุมัร เคาะลีฟะฮ์คนที่สองของรอชิดีน ก่อนที่จะได้รับการสร้างใหม่และขยับขยายในสมัยราชวงศ์อุมัยยะฮ์จนแล้วเสร็จใน ค.ศ. 705 แต่แล้วก็ถูกทำลายลงอย่างยับเยินโดยแผ่นดินไหวในปีค.ศ. 746 แล้วจึงสร้างใหม่ขึ้นในสมัยราชวงศ์อับบาซียะฮ์จนแล้วเสร็จใน ค.ศ. 780 เหตุแผ่นดินไหวได้ทำลายมัสยิดนี้ลงอีกครั้งใน ค.ศ. 1033 ในสมัยของราชวงศ์ฟาติมียะห์ แต่ในอีกสองปีถัดมาก็ได้สร้างขึ้นใหม่เป็นอาคารหลังที่ตั้งอยู่ในปัจจุบัน เมื่อกรุงเยรูซาเลมถูกคริสเตียนยึดในสงครามครูเสดใน ค.ศ. 1099 มัสยิดแห่งนี้ถูกใช้เป็นพระราชวัง และโดมทองแห่งเยรูซาเลมถูกใช้เป็นโบสถ์คริสต์ ต่อมาเมื่อมุสลิมที่นำโดยเศาะลาฮุดดีนสามารถยึดเยรูซาเลมได้ใน ค.ศ. 1187 อาคารนี้จึงถูกใช้เป็นมัสยิดอีกครั้ง