ชื่อมัสยิดตะโละมาเนาะ มาจากคำมลายูว่า "ตะโละ" (teluk) แปลว่าอ่าว กับคำว่า "มาเนาะ" (manok) ซึ่งเป็นชื่อพรรณไม้ท้องถิ่นชนิดหนึ่ง มีมากริมลำธารใกล้มัสยิด จึงมีความหมายว่า "บริเวณที่มีต้นมาเนาะ" แต่บางแห่งก็ว่า "มาเนาะ" เป็นคำมลายูเก่า แปลว่านกหรือไก่ก็มี[10][11]

ส่วนชื่อมัสยิดวาดีลฮูเซ็น ตั้งตามนามของวันฮุซเซน อัซซานาวี[10][11]