มัสยิดตะโละมาเนาะสร้างด้วยไม้ตะเคียนที่มีอยู่มากในป่าบูโด อาคารแบ่งเป็นสองหลังติดกัน มีเสาไม้ 26 ต้น เสามีลักษณะเป็นสี่เหลี่ยมขนาด 10x10 นิ้ว พื้นหนา 2 นิ้ว[5] สร้างด้วยศิลปะมลายู ไทย และจีน[1][2] มีหลังคาทรงจั่ว ปลายปั้นลมเป็นแบบมลายูตรังกานู มีผนังฝาลูกฟัก และยกใต้ถุนสูง[3][4] ใช้การสลักไม้แทนตะปู ใช้บือจือตา (เครื่องมือคล้ายขวาน บ้างเรียกขวานเล็ก) สำหรับตัดไม้ ใช้บันลีโยง (ลิ่ม) เพื่อผ่าไม้ และใช้บายิ (เครื่องมือคล้ายจอบ) ถากไม้ตะเคียนให้เรียบ[5][6] แต่เดิมหลังคามุงด้วยจาก แต่ต่อมาได้เปลี่ยนไปมุงหลังคาด้วยกระเบื้องซึ่งทำจากอิฐสงขลา[2][10][11]

• อาคารมัสยิดหลังแรก มีหลังคาทั้งหมดสามชั้น เสาแกะสลักลายดอกพิกุล หลังคาชั้นที่สามเป็นโดมรูปเก๋งจีนแท้อยู่บนหลังคา[2] มุงด้วยกระเบื้องดินเผา เดิมเก๋งจีนจะถูกใช้เป็นหออาซาน[5]
• อาคารมัสยิดหลังที่สอง มีหลังคาสองชั้น หลังคาชั้นที่สองมีจั่วบนหลังคา ชั้นแรกมีฐานดอกพิกุลหงายรองรับจั่วหลังคาอีกชั้นหนึ่ง[5]