มัสยิดต้นสน เป็นศาสนสถานที่สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชเสด็จพระราชดำเนินมาประกอบพิธีศาสนกิจฝังศพ เจ้าพระยาจักรีศรีองครักษ์ (หมุด) นายทหารคู่พระทัยและโปรดเกล้าฯให้ปฏิสังขรณ์และพระราชทานที่ดินขยายพื้นที่จากเดิมที่เจ้าพระยาราชวังสันเสนีย์ (ม๊ะหูด) บุตรเจ้าพระยารามเดโชชัยสร้างไว้ในแผ่นดินสมเด็จพระนารายณ์มหาราช

ในอดีตมุสลิมชีอะฮ์ไม่มีมัสยิดสำหรับประกอบศาสนกิจ ก็ได้ใช้มัสยิดต้นสนในการปฏิบัติศาสนกิจทั่วไป รวมทั้งกิจในเดือนมะหะหร่ำของชีอะฮ์ หรือแม้แต่การใช้กุโบร์ร่วมกัน[5]

นอกจากการปฏิบัติศาสนกิจแล้ว มัสยิดต้นสนยังเปิดสอนวิชาศาสนาและภาษาอาหรับสำหรับเยาวชนช่วงวันหยุด[4]