ตัวมัสยิดเป็นอาคารก่ออิฐถือปูนศิลปะประยุกต์ไทย-จีน ก่อสร้างโดยช่างที่ถูกเกณฑ์ไปสร้างวัดมัชฌิมาวาสหรือวัดกลางซึ่งอยู่ใกล้ ๆ กัน[8] แม้จะมีสัณฐานคล้ายอุโบสถของวัดในพระพุทธศาสนาแต่ก็ไม่ขัดต่อหลักการในศาสนาอิสลามแต่อย่างใด[7][11] ส่วนหออาซานเดิมมีลักษณะเดียวกันกับหอระฆังในวัดพุทธเช่นกัน แต่ภายหลังได้ถูกต่อเติมและสร้างโดมรูปหัวหอมขึ้นภายหลัง[9]