มาทิลดาเสด็จพระราชสมภพราวปี ค.ศ. 1080 ในดันเฟิร์มลิน พระธิดาของกษัตริย์สกอตแลนด์ มัลคอล์มที่ 3 กับเจ้าหญิงแองโกลแซ็กซัน นักบุญมาร์กาเร็ต ทรงได้รับการทำพิธีล้างบาปและตั้งชื่อให้ว่าอีดิธ โดยมีเจ้าชายแองโกลนอร์มัน โรเบิร์ตเคอร์ธูส ยืนเป็นพ่อทูนหัวในพิธี พระราชินีอังกฤษ มาทิลดาแห่งฟลานเดอส์ ก็อยู่ที่อ่างน้ำมนตร์ทำพิธีศีลล้างบาปและทำหน้าที่เป็นแม่ทูนหัวของพระองค์ อีดิธดึงเครื่องประดับศีรษะของพระราชินีมาทิลดา ซึ่งถูกมองว่าเป็นลางบอกเหตุว่าทารกน้อยวันหนึ่งจะกลายเป็นพระราชินี[1]

ชีวิตของนักบุญมาร์กาเร็ต พระราชินีแห่งสกอตแลนด์ ที่ถูกเขียนขึ้นมาในเวลาต่อมา อาจจะโดยเทอร์กอต เดอแรม กล่าวถึงวัยเด็กของพระองค์และความสัมพันธ์กับพระมารดา ในนั้น มาร์กาเร็ตถูกบรรยายไว้ว่าเข้มงวดแต่ก็เป็นแม่ที่รักลูก พระองค์ไม่เคยใช้การลงโทษในการเลี้ยงลูกด้วยคุณงามความดี ซึ่งผู้เขียนเชื่อว่าเป็นเหตุผลที่ทำให้มาทิลดาประพฤติตัวดี และมาร์กาเร็ตยังเคร่งในศาสนามาก[2]

เมื่อพระชนมายุได้ราว 6 พรรษา อีดิธกับพี่น้องหญิงของพระองค์ แมรี ถูกส่งตัวไปรอมซีย์แอบบีย์ ใกล้กับเซาแธมตันในอังกฤษใต้ ที่ซึ่งพระมาตุจฉาของทั้งคู่ คริสตินา เป็นพระอธิการิณีอยู่ ช่วงที่อยู่ที่แรมซีย์ กับช่วงหนึ่งก่อนปี ค.ศ. 1093 ที่อยู่ที่วิลตันแอบบีย์ ซึ่งทั้งสองแห่งเลื่องชื่อด้านการศึกษา[3] เจ้าหญิงชาวสกอตถูกหมายตาอย่างมากให้ไปเป็นเจ้าสาว ทรงปฏิเสธข้อเสนอจากวิลเลียม เดอ วอเรนน์ เอิร์ลที่ 2 แห่งเซอร์รีย์ กับอาลันรูฟัส ลอร์ดแห่งริมอนด์ เอริม็องแห่งทูร์เนอ้างว่าวิลเลียมรูฟัสสนใจที่จะแต่งงานกับพระองค์ การศึกษาของพระองค์สูงกว่ามาตรฐานของผู้หญิงทั่วไป ซึ่งไม่ใช่เรื่องน่าแปลกใจเพราะพระมารดาของพระองค์รักการอ่านมาก อีดิธเรียนภาษาอังกฤษ, ภาษาฝรั่งเศส และภาษาละตินบางส่วน และรอบรู้พอที่จะอ่านนักบุญออกัสตินกับคัมภีร์ไบเบิล[4]

ทรงออกจากอารามในปี ค.ศ. 1093 ในตอนที่อันเซล์ม อาร์ชบิชอปแห่แคนเทอร์บรี เขียนจดหมายถึงบิชอปแห่งซัลสบรี สั่งให้พระธิดาของกษัตริย์แห่งสกอตแลนด์กลับไปอารมณ์ที่ทรงจากมา พระองค์ไม่ได้กลับไปที่วิลตันอีก