การศึกษาสาขาวิชานี้เกิดขึ้นเมื่อศตวรรษที่ 16 โดยเริ่มมีการศึกษาดนตรีต่างฃาติ หรือดนตรีต่างถิ่น พบหลักฐานเมื่อ ค.ศ.1768 และยังพบหลักฐานทางวรรณคดีตะวันตกในศตวรรษที่ 18 โดยเป็นการศึกษากนตรีพื้นเมืองของชาวจีน แคนนาดา อินเดีย และฟินแลนด์ด้วย ในศตวรรษที่ 19 กลุ่มนักดนตรีวิทยาเริ่มใช้การบันทึกเสียงลงกระบอกเสียงเพื่อเป็นตัวอย่างสั้น ๆ และเก็บเป็นข้อมูลทางดนตรี

ในปีค.ศ.1901 คาร์ล สตัมฟ์ (Carl Stumpf) ร่วมกับ อ๊อตโต อับบราฮัม (Otto Abraham) ได้ศึกษาดนตรีไทยจากการบันทึกกระบอกเสียงที่ประเทศเยอรมัน และได้สรุประบบเสียงดนตรีไทยไว้ในหนังสือชื่อ Tonsystem and Musik der Siamese

ในปีค.ศ.1955 ได้มีการศึกษาทางมานุษยดนตรีวิทยาอย่างจริงจัง โดยการตั้งเป็นสมาคมด้านมานุษยดนตรีวิทยาขึ้น (Society for Ethnomusicology) มีการจัดประชุมกันของผู้เชี่ยวชาญดนตรีพื้นเมืองและนักมานุษยดนตรีวิทยา โดยมีบทบาทสำคัญต่อการพัฒนางานดนตรีของซีกโลกตะวันออกอย่างมาก

ในช่วงปีค.ศ.1970-1980 มีการสรางทฤษฎีด้านมานุษยดนตรีวิทยาและระเบียบวิธีวิจัยขึ้น ในช่วงนี้ความสนใจในการศึกษาเปลี่ยนจากส่วนต่าง ๆ ของดนตรีไปยังกรรมวิธีการสร้างดนตรีและการปฏิบัติดนตรี โดยเฉพาะในด้านการประพันธ์และแนวคิดทางดนตรี

ดนตรีวิทยา (Musicology) จึงเป็นสาขาวิชาหลักทางด้านดนตรี ที่นอกเหนือจากสาขาวิชาทฤษฎีและปฏิบัติ ซึ่งจะเป็นสาขาวิชาที่ศึกษา รวบรวมข้อมูล และวิเคราะห์ องค์ความรู้ที่เกี่ยวกับดนตรี บริบททางด้านดนตรี และบริบททางด้านวัฒนธรรมที่เกี่ยวข้องกับดนตรี โดยใช้กระบวนการทางการวิจัย ที่เกี่ยวเนื่องกับองค์ความรู้หลายๆด้านในเชิงวิชาการ เพื่อให้ได้ข้อมูล องค์ความรู้ที่มีคุณภาพ และเป็นประโยชน์ต่อกระบวนการศึกษา กระบวนการเรียนรู้ และการพัฒนาทางด้านดนตรีในสาขาวิชาต่างๆ ให้เติบโตไม่มีที่สิ้นสุด และมีฐานที่มั่นคง เหมือนกับต้นไม้ใหญ่ ที่เติบโตยิ่งใหญ่ แตกกิ่งก้านสาขาสร้างร่มเงา มีดอกผลเพื่อขยายพันธุ์ มีรากแก้วที่หยั่งลึก สร้างความมั่นคง แข็งแรง ยืนหยัดต่อไปอย่างทรงคุณค่า