มารวย ผดุงสิทธิ์ เคยรับราชการในสังกัดกรมรถไฟ ต่อมาโอนย้ายไปอยู่กรมชลประทาน และกรมบัญชีกลาง จนกระทั่งสอบชิงทุนได้ จึงย้ายมาเป็นอาจารย์ประจำสถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ ต่อมาเขาได้รับตำแหน่งเป็นผู้จัดการตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย ระหว่างปี พ.ศ. 2528-2535[2]

มารวย ผดุงสิทธิ์ เป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงการคลัง ในรัฐบาลของพลเอกชวลิต ยงใจยุทธ[3] ในช่วงที่เกิดวิกฤตการณ์การเงินในเอเชีย พ.ศ. 2540 หรือที่รู้จักกันในชื่อ "วิกฤตการณ์ต้มยำกุ้ง" ทำให้รัฐบาลต้องประกาศลดค่าเงินบาท แต่ดำรงตำแหน่งได้ไม่นานก็ต้องพ้นจากความเป็นรัฐมนตรีทั้งคณะ เนื่องจากพลเอกชวลิต ยงใจยุทธ นายกรัฐมนตรี ประกาศลาออกจากตำแหน่ง