ดร.มารวย ผดุงสิทธิ์ เกิดเมื่อวันที่ 4 มีนาคม พ.ศ. 2472 ที่ตำบลห้วยสัก อำเภอบางสะพาน จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ เป็นบุตรของนายมา กับนางถนอม ผดุงสิทธิ์ ในวัยเด็กเขาเข้าเรียนที่โรงเรียนเซนต์โยเซฟบ้านโป่ง จังหวัดราชบุรี จากนั้นจึงย้ายมาบิดาที่รับราชการในกรมรถไฟ เข้ามาเรียนต่อที่โรงเรียนเทเวศน์ศึกษา และย้ายตามบิดาไปอยู่ในจังหวัดต่างๆ ในเขตภาคเหนือ และเข้าเรียนจนจบชั้นมัธยมปีที่ 4 จากโรงเรียนประจำจังหวัดอุตรดิตถ์ และเข้าไปเรียนต่อที่โรงเรียนวัดบวรนิเวศ จนถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 เกิดสงครามโลกครั้งที่สอง จะหยุดเรียน และกลับไปอาศัยอยู่ที่จังหวัดอุตรดิตถ์ ต่อมาบิดาของเขาล้มป่วยและต้องลาออกจากราชการ เขาจึงต้องทำงานเพื่อหาเลี้ยงครอบครัว โดยเขาสอบเข้ารับราชการได้ที่กรมรถไฟ และย้ายไปอยู่กรมชลประทาน กรมบัญชีกลางตามลำดับ

มารวย ผดุงสิทธิ์ สอบเทียบชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 8 และเข้าเรียนต่อจนจบปริญญาตรี จากคณะพาณิชยศาสตร์และการบัญชี มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ จากนั้นเขาสอบชิงทุนไปเรียนต่อปริญญาโทที่มหาวิทยาลัยซีราคิวส์ ประเทศสหรัฐอเมริกา หลังจากกลับมาเขาได้รับการติดต่อให้สอบชิงทุนของสถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ ไปศึกษาต่อที่มหาวิทยาลัยวิสคอนซิน[1]

มารวย ผดุงสิทธิ์ ได้รับปริญญาพาณิชยศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ จากมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ในปี พ.ศ. 2532 และพัฒนบริหารศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ จากสถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ ในปี พ.ศ. 2533