อาร์ชดัชเชสมาเรีย ลูเซียทรงประสูติเมื่อวันที่ 12 ธันวาคม พ.ศ. 2334 ณ กรุงเวียนนา ในจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ เป็นพระราชธิดาองค์โตในจักรพรรดิฟรันซ์ที่ 2 แห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ (พระราชโอรสในสมเด็จพระจักรพรรดิลีโอโพลด์ที่ 2 แห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์) และพระมเหสีองค์ที่ 2 ของพระองค์ มาเรีย เทเรซา แห่งเนเปิลส์และซิซิลี เมื่อทรงพระเยาว์ พระองค์ทรงได้รับการศึกษาด้านภาษาจากครูผู้สอนชาวเยอรมัน ตามพระบัญชาของพระราชชนกและพระราชชนนี ดังนั้น พระองค์จึงทรงสามารถตรัสและทรงอักษรเป็นภาษาอังกฤษ ภาษาฝรั่งเศส ภาษาอิตาลี ภาษาละติน และภาษาสเปน เป็นต้น