มารีและอาร์ชดยุกมัคซีมีลีอานมีบุตรธิดาด้วยกันสามคน บุตรชายคนโตฟิลิปเป็นทายาทในดินแดนต่างๆ ของมารีภาพใต้การดูแลของอาร์ชดยุกมัคซีมีลีอาน บุตรธิดาของมารีก็ได้แก่:

• ฟิลิปผู้ทรงโฉม (22 กรกฎาคม ค.ศ. 1478 – 25 กันยายน ค.ศ. 1506) ผู้สือบครองบูร์กอญต่อจากมารีเป็น “ฟิลิปที่ 4 แห่งบูร์กอญ” และต่อมาเป็น พระเจ้าฟิลิปที่ 1 แห่งคาสตีลโดยการเสกสมรสกับโจแอนนาแห่งคาสตีล
• มาร์กาเร็ตแห่งออสเตรีย (10 มกราคม ค.ศ. 1480 – 1 ธันวาคม ค.ศ. 1530) สมรสกับครั้งแรกกับเจ้าชายจอห์นแห่งอัสทูเรีย พระราชโอรสในพระเจ้าเฟรนานโดที่ 2 แห่งอารากอนและสมเด็จพระราชินีนาถอิซาเบลลาที่ 1 แห่งคาสตีล) และต่อมากับฟิลิแบร์ตที่ 2 ดยุกแห่งซาวอย
• ฟรันซ์ เกิดและเสียชีวิต ค.ศ. 1481