มารีแห่งมงเปอลีเยประสูติราวปี ค.ศ. 1182 ทรงเป็นธิดาของกีโยมที่ 8 ลอร์ดแห่งมงเปอลีเยกับเอฟโดเกีย กอมนินี หลานสาว (ลูกของพี่น้อง) ของจักรพรรดิมานูอีลที่ 1 กอมนินอสแห่งจักรวรรดิไบเซนไทน์ ทั้งคู่สมรสกันภายใต้เงื่อนไขว่าบุตรคนแรกของทั้งคู่จะได้สืบทอดตำแหน่งลอร์ดแห่งมงเปอลีเยต่อจากกีโยม ไม่ว่าจะเป็นชายหรือหญิง มารีซึ่งเป็นบุตรคนโตของทั้งคู่จึงได้เป็นทายาทของบิดา

ทว่าในเดือนเมษายน ค.ศ. 1187 กีโยมที่ 8 บิดาของพระนางได้ทิ้งมารดาไปสมรสใหม่กับหญิงที่มีชื่อว่าอาแญ็สซึ่งมีศักดิ์เป็นญาติของกษัตริย์แห่งอารากอน ทั้งคู่มีบุตรด้วยกันแปดคนเป็นชายหกคนและหญิงสองคน แม้เอฟโดเกียจะบวชเป็นแม่ชีคณะเบเนดิกต์ แต่การสมรสครั้งที่สองของกีโยมได้ถูกประกาศให้ไม่ชอบด้วยกฎหมาย ทำให้พี่น้องต่างมารดาทุกคนของมารีกลายเป็นบุตรนอกสมรส มารีจึงยังคงเป็นทายาทแห่งมงเปอลีเยต่อไป