ศ. (พิเศษ) มารุต บุนนาค เกิดเมื่อวันที่ 21 สิงหาคม พ.ศ. 2467[2] เป็นบุตรของ พระสุทธิสารวินิจฉัย (มะลิ บุนนาค) กับนางผ่องศรี บุนนาค (สกุลเดิม: เวภาระ) ธิดาขุนหลวงพระยาไกรสี (เปล่ง เวภาระ) กับคุณหญิงทองคำ [3] เรียนมัธยมที่ โรงเรียนเทพศิรินทร์ (DSA57) และจบการศึกษากฎหมายจากมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์เมื่อปี พ.ศ. 2490 ในสมัยที่มหาวิทยาลัยยังใช้ชื่อว่า "มหาวิทยาลัยวิชาธรรมศาสตร์และการเมือง" และได้รับปริญญานิติศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์, นิติศาสตรดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ มหาวิทยาลัยรามคำแหง, ศิลปศาสตรดุษฎีบัณฑิต กิตติมศักดิ์ สาขารัฐประศาสนศาสตร์ มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม, ปริญญาบัตรกิตติมศักดิ์ ว.ป.อ.วุฒิบัตรกิตติมศักดิ์ วิทยาลัยการทัพบก

ชีวิตส่วนตัว ศ.(พิเศษ) มารุต บุนนาค สมรสกับ คุณหญิงพันทิพา บุนนาค (สกุลเดิม "พันธุ์มณี") มีธิดาคือ นางมฤทุ บุนนาค มอริ เจ้าหน้าที่ระดับสูงใน องค์การสหประชาชาติ สำนักงานข้าหลวงใหญ่ผู้ลี้ภัยที่ ประเทศสวิตเซอร์แลนด์ และมีบุตรคือ นายรุจิระ บุนนาค สำเร็จนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เนติบัณฑิตไทยสำนักอบรมศึกษากฎหมายแห่งเนติบัณฑิตยสภา สำเร็จปริญญาโทกฎหมายระหว่างประเทศ 2 ปริญญา ที่มหาวิทยาลัยทูเรนและมหาวิทยาลัยเพนซิลเวเนีย สหรัฐอเมริกา ปัจจุบันดูแลสำนักงานต่างประเทศ

ตำแหน่งทางวิชาการ เป็นกรรมการผู้ทรงคุณวุฒิของสภามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ปี พ.ศ. 2517 - พ.ศ. 2519 และปี พ.ศ. 2521 และปัจจุบัน เป็นประธานร้านธรรมศาสตร์กาชาดและเป็นอุปนายกสมาคมตั้งแต่ปี พ.ศ. 2513 จนถึงปัจจุบัน เป็นกรรมการของสมาคมมิตรภาพไทย-จีน ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2522 - พ.ศ. 2526