ทีมชาติเวลส์

มาร์ก ฮิวส์รับตำแหน่งผู้จัดการทีมชาติเวลส์ในปี 1999 ในขณะเป็นผู้เล่นของเซาแทมป์ตัน โดยเขารับงานต่อจากบ็อบบี้ กูลด์ และทำผลงานได้อย่างดีจนได้รับสัญญาระยะยาว ในช่วงเวลา5ปีของเขาในตำแหน่งผู้จัดการทีมชาติ เขาเกือบพาทีมผ่านเข้าไปเล่นในศึกฟุตบอลชิงแชมป์แห่งชาติยุโรปปี 2004 แต่ก็ต้องผิดหวังเมื่อทีมแพ้ต่อทีมชาติรัสเซียในรอบเพลย์ออฟ

แบล็กเบิร์นโรเวอส์

แม้จะทำผลงานได้ดีกับทีมชาติเวลส์ แต่ฮิวส์ก็ลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการทีมชาติในเดือนกันยายน ปี 2004 เพื่อไปรับงานคุมทีมแบล็กเบิร์นโรเวอส์ทีมเก่าของเขาในพรีเมียร์ลีกอย่างเต็มตัวหลังจากเขานั่งควบ2ตำแหน่งทั้งผู้จัดการทีมชาติเวลส์และผู้จัดการชั่วคราวของแบล้คเบิร์น โรเวอร์สในปลายฤดูกาล2003-2004 ผลงานของเขาในปีนั้นคือการพาทีมรอดจากการตกชั้น และนำสโมสรเข้าถึงรอบ4ทีมสุดท้ายในเอฟเอคัพได้เป็นครั้งแรกในรอบ40ปี

ฤดูกาล2004-2005 ปีที่2ของเขากับทีมฮิวส์นำแบล็กเบิร์นจบฤดูกาลด้วยอันดับ6อย่างเหลือเชื่อ และได้ไปเล่นยูฟ่า คัพเมื่อจบฤดูกาล โดยในลีกทีมของเขาสามารถเอาชนะเชลซี, และชนะแมนเชสเตอร์ยูไนเต็ดทั้งนัดเหย้าและนัดเยือน รวมทั้งยังสมารถเอาชนะอาร์เซนอลได้สำเร็จ และทีมของเขายังเข้าไปชิงชนะเลิศถ้วยลีกคัพก่อนจะแพ้เชลซีไป1-0ทำให้ได้แค่รองแชมป์

วันที่ 4 พฤษภาคม ปี2006 จากผลงานอันยอดเยี่ยม ฮิวส์และผู้ช่วยของเขามาร์ก โบเวนได้รับการต่อสัญญาต่อไปอีก3ปี สัญญาฉบับนี้จะทำให้เขาอยู่กับทีมจนถึงช่วงฤดูร้อนของปี 2009

การสร้างทีมของเขาในอีวู้ด ปาร์คนั้นเขาได้ซื้อตัวผู้เล่นคนสำคัญของทีมเช่นเบนนี่ แม็คคาร์ธี่ย์ (2ล้านปอนด์),เดวิด เบนท์ลี่ย์ (5แสนปอนด์),ไรอัน เนลเซ่น (ฟรี) รวมถึงการได้ยอดกองหน้าอย่างโรเก้ ซาน ตา ครูซ (3ล้าน5แสนปอนด์) และกองหลังจอมโหดอย่าง คริสโตเฟอร์ แซมบ้า (4แสนปอนด์) แบล็กเบิร์นจบฤดูกาลด้วยอันดับ10 ในฤดูกาล2006-2007 และผ่านเข้าถึงรอบน็อคเอาท์ในศึกยูฟ่าคัพ ก่อนจะแพ้ไบเออร์ เลเวอร์คูเซ่นด้วยประตูรวม3-2 ส่วนในเอฟเอคัพเขาพาทีมเข้าถึงรอบรองชนะเลิศได้อีกครั้งและเป็นครั้งที่3ของทีม นับแต่ฮิวส์เข้ารับตำแหน่ง และฤดูกาลนั้นเขาได้รับเลือกให้เป็นผู้จัดการทีมยอดเยี่ยมประจำเดือนตุลาคม

ฤดูกาล2007-2008 ฮิวส์พาทีมเก็บชัยชนะได้ถึง15นัด และจบฤดูกาลด้วยอันดับ7 โดยโรเก้ ซาน ตา ครูซกองหน้าที่เขาซื้อมายิงประตูในลีกได้ถึง19ประตูในฤดูกาลแรกที่มาร่วมทีม

แมนเชสเตอร์ซิตี

หลังจบฤดูกาล2007-2008 พ.ต.ท. ทักษิณ ชินวัตรประธานสโมสรแมนเชสเตอร์ซิตีในขณะนั้นสั่งปลด สเวน โกรัน อิริคสัน ออกจากตำแหน่งผู้จัดการทีมและแต่งตั้งมาร์ก ฮิวส์เป็นผู้จัดการทีมคนใหม่ในเดือนมิถุนายน ปี2008 ด้วยสัญญา3ปี

เดือนกันยายน ปี 2008 เกิดการเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ในสโมสรเมื่อ แมนเชสเตอร์ซิตีถูกเทคโอเวอร์โดยกลุ่มADUG (Abu Dhabi United investment group) ซึ่งเป็นกลุ่มมหาเศรษฐีอาหรับ โดยมีการประเมินว่ามีทรัพย์สินมากกว่าโรมัน อับราโมวิชเจ้าของสโมสรเชลซีอยู่หลายเท่า และนั่นทำให้มาร์ก ฮิวส์มีเงินมหาศาลในการซื้อตัวนักเตะระดับโลกเข้าสู่สโมสร โดยการซื้อตัวผู้เล่นที่สั่นสะเทือนเกาะอังกฤษครั้งใหญ่ที่สุดคือการที่เขาซื้อตัวโรบินโญ่ดาวเตะบราซิลมาจากรีล มาดริดด้วยค่าตัวมากที่สุดในประเทศที่32ล้าน4แสนปอนด์

ฟูแลม

ควีนส์พาร์กเรนเจอร์ส

สโตกซิตี

มาร์ก ฮิวส์ โดนสโมสร สโตกซิตี ประกาศปลดหลังจากทำทีมตกรอบในศึกเอฟเอคัพ เมื่อวันที่ 6 มกราคม 2561 หลังจากแพ้โคเวนทรี ซิตี้ 1-2 [1] ในขณะที่อันดับในพรีเมียร์ลีกก็อยู่ในเกณฑ์ตกชั้นเช่นกัน