มิกิ ฟูจิโมโตะ เริ่มงานในเส้นทางบันเทิงในฐานะของศิลปินเดี่ยวภายใต้สังกัดเฮลโล! โปรเจกต์ (เพลงซิงเกิลแรกของเธอมีชื่อว่า "อาเอไนนาไงนิจิโยบิ" (会えない長い日曜日)) โดยเธอมักจะถูกแฟนเพลงให้ฉายาว่าเป็นศัตรูคู่อาฆาตของอายะ มัตสึอูระ (松浦 亜弥) นักร้องเดี่ยวอีกคนในสังกัดเดียวกัน แต่ในความเป็นจริงแล้วเธอทั้งสองต่างก็เป็นเพื่อนรักกันมาก ไม่ได้เป็นศัตรูกันอย่างที่หลาย ๆ คนคิด

อันที่จริง ฟูจิโมโตะได้ผ่านการคัดเลือกไปเป็นสมาชิกรุ่นที่สี่ของมอร์นิงมุซุเมะพร้อม ๆ กันกับ ริกะ อิชิกาวะ (石川 梨華), ฮิโตมิ โยชิซาวะ (吉澤 ひとみ), โนโซมิ สึจิ (辻 希美), และไอ คาโงะ (加護 亜依) ไปแล้ว แต่เธอเป็นคนเดียวที่ไม่ได้ถูกเรียกให้เข้าร่วมกับกลุ่มในขณะนั้น จนกระทั่งในช่วงต้นปี ค.ศ. 2001 เธอก็ได้รับการติดต่อให้เข้าไปทำงานเป็นศิลปินเดี่ยวของสังกัด โดยในช่วงหนึ่งปีเศษที่เธอเข้าไปฝึกซ้อมการร้องเพลงก่อนที่จะได้สร้างงานเพลงจริง ๆ เธอได้ทำงานเป็นพนักงานต้อนรับให้กับอัพ-ฟร็อนท์ เวิร์คส์ (Up-Front Works) ซึ่งเป็นหนึ่งในกลุ่มบริษัทแม่ของสังกัดเฮลโล! โปรเจกต์ อีกด้วย

ในเดือนตุลาคม ค.ศ. 2002 เธอได้รับเลือกให้เป็นสมาชิกของกลุ่มนักร้อง "โกมัตโต" (ごまっとう) ร่วมกับศิลปินเดี่ยวชื่อดังในเฮลโล! โปรเจกต์ อีกสองคน ได้แก่ มากิ โกะโต อดีตสมาชิกของมอร์นิงมุซุเมะ และอายะ มัตสึอูระ เพื่อนรักของเธอ และนอกจากนั้นแล้ว เธอยังได้เป็นสมาชิกในกลุ่มนักร้องผสมของเฮลโล! โปรเจกต์ อีก 4 กลุ่มด้วยกัน ได้แก่ โอโดรุ 11 (おどる♥１１), 11วอเตอร์ (11WATER), เอช!พี ออลสตาร์ส (H.P. All Stars) และเซ็กซี่ โอโตนาจัง (セクシーオトナジャン)

ในปี ค.ศ. 2003 หลังจากที่เธอสามารถสร้างผลงานการแสดงในรายการเพลง "โคฮากุอูตะกัสเซ็ง" (紅白歌合戦) ซึ่งจะจัดขึ้นในช่วงเทศกาลปีใหม่ของทุก ๆ ปี ได้อย่างประสบความสำเร็จ สึงกุ (つんく) โปรดิวเซอร์ของมอร์นิงมุซุเมะ ก็ตัดสินใจนำตัวเธอเข้ามาร่วมงานในกลุ่มนักร้องกลุ่มนี้ด้วยอย่างเต็มตัว ในฐานะของสมาชิกรุ่นที่หก

ในมอร์นิงมุซุเมะ มิกิได้รับหน้าที่นักร้องนำในหลาย ๆ เพลง (โดยเฉพาะในช่วงหลังจากที่นัตสึมิ อาเบะ (安倍なつみ) สมาชิกรุ่นก่อตั้ง ‘สำเร็จการศึกษา’ ออกไป) และนอกจากนั้นแล้ว เธอและอาซามิ คนโนะ (紺野あさ美) รุ่นน้องร่วมกลุ่มอีกหนึ่งคน ยังได้ถูกยืมตัวไปเป็นนักร้องให้กับกลุ่ม "คันทรีมุซุเมะ" (カントリー娘) ซึ่งเป็นกลุ่มนักร้องในสังกัดเดียวกัน โดยกลุ่มนี้เป็นกลุ่มที่รวบรวมเอานักร้องจากเกาะฮกไกโดมาไว้เป็นสมาชิก (แต่ที่จริงแล้ว ก็ไม่ใช่สมาชิกทุกคนที่มาจากฮกไกโด อย่างเช่น ริกะ อิชิกาวะ และมิอูนะ ไซโต (斉藤美海) เป็นต้น)

ต่อมา เมื่อกลุ่มมอร์นิงมุซุเมะได้แยกตัวเองออกจากกันเป็นสองกลุ่มย่อย เพื่อความสะดวกในการตระเวนแสดงคอนเสิร์ตทั่วประเทศ ฟูจิโมโตะก็ได้รับการจัดตัวให้เข้าไปอยู่ในกลุ่มย่อย "มอร์นิงมุซุเมะ โอโตเมะกูมิ" (モーニング娘｡おとめ組) ร่วมกับสมาชิกอีก 6 คน (ส่วนกลุ่มย่อยอีกกลุ่มหนึ่ง ได้ใช้ชื่อว่า "มอร์นิงมุซุเมะ ซากูระกูมิ" (モーニング娘｡ さくら組))

วันศุกร์ที่ 15 เมษายน ค.ศ. 2005 หลังจากที่มาริ ยางูจิ (矢口真里) ประกาศปลดตัวเองออกจากมอร์นิงมุซุเมะ มิกิก็ได้รับตำแหน่งของรองหัวหน้ากลุ่มทันที ส่วนหัวหน้ากลุ่มนั้น เป็นหน้าที่ของฮิโตมิ โยชิซาวะ รองหัวหน้าคนก่อนในขณะนั้น

วันพฤหัสบดีที่ 15 มิถุนายน 2006 ได้มีการประกาศว่า เธอและอายะ มัตสึอูระ จะร่วมกันสร้างงานเพลงด้วยกันภายใต้ชื่อกลุ่มว่า "แกม" (GAM) โดยเพลงซิงเกิลแรกได้เปิดตัวออกมาในวันพุธที่ 13 กันยายนของปีเดียวกัน[1]

วันจันทร์ที่ 7 พฤษภาคม 2007 หลังจากที่ฮิโตมิ โยชิซาวะ 'สำเร็จการศึกษา' ออกไป เธอก็ได้เลื่อนตำแหน่งจากรองหัวหน้ากลุ่มเป็นหัวหน้ากลุ่มคนที่ 6 ของมอร์นิงมุซุเมะทันที โดยผู้ที่มารับตำแหน่งรองหัวหน้ากลุ่มแทนเธอก็คือ ไอ ทากาฮาชิ (高橋愛)

ความสัมพันธ์กับโทโมฮารุ โชจิ

ในวันพฤหัสบดีที่ 24 พฤษภาคม 2007 หลังจากที่ได้รับตำแหน่งหัวหน้ากลุ่มของมอร์นิงมุซุเมะได้ไม่ถึง 1 เดือน นิตยสารฟรายเดย์ (Friday)[2] (นิตยสารข่าวซุบซิบคนบันเทิงของประเทศญี่ปุ่น) ฉบับล่าสุด ก็ได้นำข่าวลือและรูปภาพของฟูจิโมโตะที่กำลังเดินอยู่กับโทโมฮารุ โชจิ ศิลปินตลกของคณะชินางาวะโชจิ จำนวน 3 รูปมาตีพิมพ์ โดยทางฟรายเดย์ได้อธิบายว่าทั้งสองใช้เวลา 2 ชั่วโมงรับประทานอาหารค่ำด้วยกัน หลังจากนั้นก็ขับรถไปที่ห้องชุดของฟูจิโมโตะ ต่อด้วยเดินทางไปที่ร้านซาวน่า และกลับไปพักที่ห้องชุดของโชจิด้วยกัน ซึ่งรูปทั้งหมดนี้ ทางฟรายเดย์ได้กล่าวว่า พวกเขาถ่ายมาได้ในวันเดียวกันกับวันที่โนโซมิ สึจิ อดีตสมาชิกมอร์นิงมุซุเมะ แถลงข่าวการตั้งครรภ์และการวิวาห์ของเธอต่อหน้าสื่อมวลชนพอดี ทั้งนี้ ทางฟรายเดย์ยังบรรยายเพิ่มเติมว่า ทั้งสองคนอาศัยอยู่ในห้องชุดดังกล่าวเป็นเวลา 3 วันด้วยกัน[3][4]

ทางด้าน "อัพ-ฟรอนท์ เอเจนซี" (Up-Front Agency) ต้นสังกัดใหญ่ของฟูจิโมโตะ หลังจากที่รับรู้ข่าวดังกล่าวนี้แล้ว ในเบื้องต้นยังไม่มีการตอบสนองใด ๆ เป็นพิเศษ เนื่องจากว่ารูปและข่าวดังกล่าวนี้ยังไม่สามารถพิสูจน์ได้ว่าเป็นความจริง[3] จนกระทั่งในวันเสาร์ที่ 26 พฤษภาคม ฟูจิโมโตะก็ออกมายืนยันผ่านทางรายการวิทยุของประเทศญี่ปุ่นที่ชื่อยังทาวน์ โดโยวบิ ว่ารูปทั้งหมดในฟรายเดย์นั้นเป็นรูปของเธอจริง และในวันนั้นเธอก็ไปซาวน่า รับประทานอาหาร และเข้าไปในห้องชุดร่วมกับโชจิจริง ๆ[3]

ในที่สุด เมื่อวันศุกร์ที่ 1 มิถุนายน มิกิ ฟูจิโมโตะ ก็ตัดสินใจปลดตัวเองออกจากมอร์นิงมุซุเมะเพื่อแสดงความรับผิดชอบในฐานะของหัวหน้ากลุ่มกับการที่ตกเป็นข่าวดังกล่าว ซึ่งเป็นการผิดคำสัญญามอร์นิงมุซุเมะที่เธอได้ให้ไว้ในฐานะสมาชิกคนหนึ่ง โดยผู้ที่รับตำแหน่งหัวหน้ากลุ่มต่อจากเธอก็คือ ไอ ทากาฮาชิ และตำแหน่งรองหัวหน้ากลุ่มนั้นตกเป็นของ ริสะ นีงากิ[5][6][7] (จากเหตุการณ์นี้ทำให้ฟูจิโมโตะเป็นหัวหน้ากลุ่มของมอร์นิงมุซุเมะที่มีระยะเวลาในตำแหน่งสั้นที่สุด คือ 26 วันเท่านั้น และยังเป็นหัวหน้ากลุ่มคนที่สองที่ปลดตัวเองออกจากกลุ่มต่อจากมาริ ยางูจิ อีกด้วย)

แต่อย่างไรก็ตาม ปัจจุบันเธอยังคงมีสัญญาเป็นนักร้องในสังกัดเฮลโล! โปรเจกต์ กับอัพ-ฟรอนท์ เอเจนซี และยังคงเป็นสมาชิกในกลุ่มแกมอยู่