มินามาตะ (ญี่ปุ่น: 水俣市 โรมาจิ: Minamata-shi) เป็นเมืองในจังหวัดคูมาโมโตะ ประเทศญี่ปุ่น ตั้งอยู่บนชายฝั่งด้านตะวันตกของเกาะคีวชู มินามาตะเริ่มก่อตั้งเป็นหมู่บ้านใน พ.ศ. 2432 ก่อนจะยกฐานะขึ้นเป็นตำบลใน พ.ศ. 2455 และขึ้นเป็นเมืองใน พ.ศ. 2492[1] จากการสำมะโนประชากรในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2558 มินามาตะมีประชากร 25,411 คน[2]มินามาตะเป็นที่รู้จักจากโรคมินามาตะ ซึ่งเป็นโรคที่เกิดจากการได้รับพิษปรอทและจัดเป็นหนึ่งในสี่โรคสิ่งแวดล้อมใหญ่ของประเทศญี่ปุ่น โรคนี้ถูกค้นพบใน พ.ศ. 2499[3] โดยบริษัทผลิตเคมีภัณฑ์ได้ปล่อยน้ำเสียที่ปนเปื้อนสารปรอทลงในอ่าวมินามาตะทำให้ชาวบ้านได้รับอันตรายจากปรอทภายหลังจากการค้นพบโรคมินามาตะ มินามาตะได้พัฒนาการจัดการด้านสิ่งแวดล้อมเพื่อมุ่งหมายที่จะเป็นต้นแบบด้านสิ่งแวดล้อม โดยใน พ.ศ. 2542 มินามาตะได้ผ่านการประเมินมาตรฐาน ISO 14001 ด้านการจัดการสิ่งแวดล้อม[1] และผ่านการประเมินให้เข้าร่วมโครงการเมืองสิ่งแวดล้อม (Eco Town Program) ใน พ.ศ. 2544[4][5]