อายะตุลลอหฺ ซัยยิด มุฮัมมัด บากิร อัลฮะกีม เป็นบุตรของอายะตุลลอหฺ ซัยยิด มุฮฺซิน อัฏฏ็อบาฏ็อบาอีย์ อัลฮะกีม เกิดเมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม ค.ศ. 1939 ใน นะญัฟ อันเป็นศูนย์กลางของโลกชีอะห์ และเป็นสถานที่ฝังศพอิมามอะลีย์ผู้บรรพบุรุษของซัยยิด ซัยยิดสืบเชื้อสายท่านนบีมุฮัมมัดศาสนาทูตแห่งอัลลอหฺ ด้วยเหตุนี้ซัยยิดจึงโพกหัวสีดำเหมือนลูกหลานท่านศาสดาทั่วไป ปู่ของซัยยิดคืออายะตุลลอหฺ มะหฺดี บินศอลิฮฺ อัลฮะกีม ตระกูลอัลฮะกีมมีชื่อเสียงในประวัติศาสตร์อาหรับในเรื่องของการเป็นผู้นำในด้านวิชาการศาสนา จริยธรรม และแพทย์ และเป็นตระกูลที่มีชื่อเสียงมากที่สุดในอิรัก อิหร่าน เยเมน มาตั้งแต่อดีต เมื่อซัดดัมทำการรัฐประหารสำเร็จ สถาปนาตนเองเป็นประธานาธิบดีแล้ว ก็มุ่งมั่นที่จะล้างโคตรของตระกูลอัลฮะกีมให้หมดไปจากอิรัก เพียงคืนเดียงซัดดัมก็จับคนในตระกูลอัลฮะกีมรวม 70 คน ตั้งแต่เด็กจนถึงคนแก่ชราในนั้นมี อายะตุลลอหฺ ซัยยิด ยูซุฟ อัลฮะกีม, อายะตุลลอหฺ ซัยยิด มุฮัมมัด ฮะซัน อัลฮะกีม เพื่อเป็นตัวประกันเนื่องจากพวกเขาเป็นญาติพี่น้องของ ซัยยิด มุฮัมมัด บากิร อัลฮะกีม ซึ่ง 16 คนในจำนวนนั้นถูกประหารชีวิตในเวลาต่อมา และที่เหลืออีกหลายคนยังไม่ทราบว่ายังมีชีวิตอยู่หรือไม่ซัยยิด อัลฮะกีมมีชื่อเสียงว่าเฉลียวฉลาดในด้านการศึกษามาตั้งแต่เยาว์วัย ซัยยิดเรียนวิทยาการศาสนากับบรรดาอาจารย์และอายะตุลลอหฺต่าง ๆ ในอิรักจนบรรลุวิทยาการศาสนาชั้นสูงสุดตั้งแต่ยังหนุ่มปี 1964-1975 ซัยยิดเป็นอาจารย์สอนวิทยาการศาสนาในมหาวิทยาลัยอุศูลุดดีน แบกแดดอายะตุลลอหฺ อัลฮะกีมได้เขียนหนังสือและตีพิมพ์ออกมาแล้ว 42 เล่มในปี 1958 ท่านได้ร่วมก่อตั้งองค์กรอิสลามเพื่อปกป้องศาสนาและประชาชน กับอายะตุลลอหฺ มุฮัมมัด บากิร อัศศอดรุ, ซัยยิด มุฮัมมัด มะหฺดี อัลฮะกีม, และ ซัยยิด มุรตะฎอ อัลอัซกะรีย์ ซึ่งภายหลังมีชื่อว่า ฮิซบุ อัดดะอฺวะหฺ อัลอิสลามียะหฺ (พรรคเผยแผ่อิสลาม) 1972 ซัยยิดและพรรคพวกถูกรัฐบาลพรรคบะอัธจับไปทรมาน แต่ต่อมาก็มีคำสั่งปลดปล่อย แต่ท่านปฏิเสธที่จะออกจากคุก จนกว่ารัฐบาลบะอัธจะปลดปล่อย อายะตุลลอหฺ อัศศอดรุ ที่ถูกจับพร้อมกันนั้นด้วย และตัดสินจำคุกตลอดชีวิต ในปี 1977-1978 ถูกรัฐบาลบะอัธจับกุมตัวอีกครั้งพร้อม ๆ กับอุละมาอฺคนอื่น ๆ ซัยยิดถูกตัดสินจับคุกตลอดชีวิต แต่ก็มีคำสั่งปลดปล่อยในปีต่อมาเมื่อซัดดัมสั่งจับอายะตุลลอหฺ อัศศอดรุไปสังหารในปี 1980 ซัยยิดก็ได้ย้ายออกไปอิรักไปซีเรีย เมื่อซัดดัมเริ่มทำสงครามกับอิหร่าน ซัยยิดก็ได้เดินทางไปอิหร่าน เพื่อไปพำนักอยู่กับอายะตุลลอหฺ โคมัยนีย์ และตั้งฐานพรรคฝ่ายค้านอิรักในอิหร่านในปี 1982 ซัยยิดได้ก่อตั้งสภาสูงสุดเพื่อการปฏิวัติอิสลามในอิรัก (Supreme Council for the Islamic Revolution in Iraq, SCIRI)เพื่อต่อต้านรัฐบาลเผด็จการและคอรัปชั่นของซัดดัม ฮุเซนและพรรคพวก29 สิงหาคม 2003 อายะตุลลอหฺ ซัยยิด มุฮัมมัด บากิร อัลฮะกีม เสียชีวิตเป็นชะฮีด ด้วยแรงระเบิดในรถยนต์สองคัน นอกมัสยิดอิมามอะลีย์ ในนะญัฟ อิรัก หลังจากที่ได้อ่านคุฎบะหฺและนำนมาซญุมอะหฺ ทำให้มีผู้เสียชีวิตอีก 124 คน และบาดเจ็บอีกเป็นร้อย แรงระเบิดทำให้ศพของอายะตุลลอหฺสูญหาย ไม่สามารถจะเก็บศพได้ นอกจากเศษเสื้อผ้าและแหวนเท่านั้นชาวอิรักต่างพากันไว้อาลัยในการสูญเสียวีรบุรุษ ผู้ที่ได้อุทิศชีวิตต่อสู้กับความอธรรมของพรรคบะอัธและสหรัฐอเมริกา มาเป็นเวลาสามทศวรรษ ในที่สุดซัยยิดก็ได้เสียชีวิตในทางที่ต้องการ ในมัสยิดอิมามอะลีย์ บินอะบีฏอลิบ บุตรเขยศาสนทูต อันเป็นปู่ทวดของซัยยิด และในเมืองนะญัฟ อันเป็นบ้านเกิดของซัยยิด