พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว มีพระราชประสงค์ที่จะทรงสนับสนุนการพัฒนาประเทศ และทรงตระหนักว่าประเทศไทยยังขาดแคลนผู้เชี่ยวชาญในวิทยาการต่างๆ ที่จะเป็นกำลังสำคัญในการร่วมกันพัฒนาชาติบ้านเมือง จึงมีพระราชดำริที่จะทรงสนับสนุนให้นักศึกษาและบัณฑิตชาวไทยผู้มีความเป็นเลินทางวิชาการสาขาต่างๆ ได้ไปเพิ่มพูนความรู้และพัฒนาทักษะความเชี่ยวชาญ ณ ต่างประเทศ จนถึงระดับสูงสุด เมื่อสำเร็จการศึกษาแล้วจักได้นำความรู้ความเชี่ยวชาญนั้นกลับมาพัฒนาประเทศชาติ ดังนั้น ใน พ.ศ. 2498 จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้จัดตั้งทุนการศึกษาขึ้นและพระราชทานนามว่า ทุนอานันทมหิดล เพื่อเป็นพระบรมราชานุสรณ์ในสมเด็จพระบรมเชษฐาธิราช พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหาอานันทมหิดล พระอัฐมรามาธิบดินทรและได้พระราชทานทุนเริ่มแรกจำนวน 20,000 บาท

เมื่อแรกตั้ง ทรงประเดิมด้วยการพระราชทานทุนการศึกษาในสาขาแพทยศาสตร์ เพื่อทรงเจริญรอยตามพระราชปณิธานในสมเด็จพระมหิตลาธิเบศร อดุลยเดชวิกรม พระบรมราชชนก ซึ่งทรงสำเร็จการศึกษาด้านแพทยศาสตร์ และได้ทรงวางรากฐานด้านการแพทย์สมัยใหม่ขึ้นในประเทศสยาม ทั้งยังเคยทรงเอาพระทัยใส่พระราชทานทุนส่วนพระองค์ให้แก่นักศึกษาแพทย์ไปศึกษาต่อยังต่างประเทศ

ต่อมา ได้มีพระบรมราชวินิจฉัยให้เปลี่ยนสถานภาพจาก "ทุน" เป็น "มูลนิธิ" ชื่อว่า มูลนิธิอานันทมหิดล เมื่อวันที่ 3 เมษายน พ.ศ. 2502 และได้ขยายขอบเขตการพระราชทานทุนเพิ่มขึ้นในหลายสาขา

ปัจจุบัน มูลนิธิอานันทมหิดล ได้พระราชทานทุนการศึกษาครอบคลุมทั้งสาขาวิชาทางด้านวิทยาศาสตร์และสังคมศาสตร์ โดยแยกเป็นแผนกต่างๆ จำนวน 8 แผนก[1] ได้แก่

• แผนกแพทยศาสตร์
• แผนกวิทยาศาสตร์
• แผนกวิศวกรรมศาสตร์
• แผนกเกษตรศาสตร์
• แผนกธรรมศาสตร์
• แผนกอักษรศาสตร์
• แผนกทันตแพทยศาสตร์
• แผนกสัตวแพทยศาสตร์