ในช่วงกลางคริสต์ทศวรรษ 1980 สตีฟ บราวน์ บัณฑิตสัตวแพทย์ผู้ที่มีความสนใจเป็นพิเศษต่อโคอาลา กำลังศึกษาต่อปริญญาเอกในมหาวิทยาลัยควีนส์แลนด์ โดยมุ่งเน้นไปที่สภาพทางพยาธิวิทยาที่ไม่ปกติในโคอาลา ในถุงน้ำรังไข่ ภาวะนี้เกี่ยวข้องกับอัตราการสืบพันธุ์ต่ำ เขาให้หลักฐานแสดงว่าโรคหนองในเทียมอาจมีผลกระทบต่อการเปลี่ยนแปลงประชากรของฝูงโคอาลาป่า อันเป็นผลมาจากการศึกษาของเขา โดยเชื่อว่าโรคหนองในเทียมเป็นภัยคุกคามที่สำคัญต่อสายพันธุ์ ที่เกิดขึ้นอย่างกว้างขวางของสิ่งมีชีวิต ความเชื่อมั่นนี้นำเขาไปหาการสนับสนุนการจัดตั้งองค์กรซึ่งอาจเป็นแหล่งทุนวิจัยสำหรับโคอาลาและแก้ปัญหาให้แก่พวกมันได้

ในปี ค.ศ. 1985 เมื่อแบรี สกอตต์ ได้รับการขอให้จัดการโอเอซิสทัวริสต์การ์เดน เขาได้พบกับสตีฟ บราวน์ ผู้ทำหน้าที่เป็นที่ปรึกษาสัตวแพทย์กิตติมศักดิ์ให้กับกลุ่มโคอาลาที่เป็นโรคซึ่งอาศัยอยู่ที่นั่น สตีฟเป็นผู้สนับสนุนอย่างแข็งขันสำหรับโคอาลา และเขาได้แรงบันดาลใจจากแบรีผู้แนะนำให้จัดตั้งมูลนิธิสำหรับโคอาลา พวกเขาช่วยกันรวบรวมเพื่อนและผู้สนับสนุนรอบตัวเพื่อสร้างองค์กรในการช่วยรักษาโรคแก่โคอาลา ตลอดจนช่วยคุ้มครองจากจำนวนที่ลดลง

การก่อตั้งได้รับการร่างขึ้น และเมื่อวันที่ 17 มกราคม ค.ศ. 1986 หนังสือรับรองการจดทะเบียน (เลขที่ 1262) ได้ออกในชื่อของสมาคมโคอาลาออสเตรเลีย อิงค์ (Australian Koala Association Inc.) ชื่อนี้มีการเปลี่ยนแปลงเมื่อวันที่ 3 ตุลาคม ค.ศ. 1986 เป็นมูลนิธิโคอาลาออสเตรเลีย อิงค์ (Australian Koala Foundation Inc.) ซึ่งต่อมาคำว่า อิงค์ ได้หลุดออกไป

ในวันแรก ๆ แบรี สกอตต์ เดินทางจากบริสเบนถึงเพิร์ท, แอดิเลด และซิดนีย์ โดยจัดตั้งสาขาและพาคนเข้าร่วม ซึ่งจะเป็นโครงสร้างพื้นฐานของการสนับสนุนเป็นพิเศษของมูลนิธิโคอาลาออสเตรเลีย

จุดเริ่มต้นของมูลนิธิโคอาลาออสเตรเลียคือการ "ระดมทุน 5 ล้านดอลลาร์เพื่อช่วยโคอาลา" ในตอนแรกฉันทามติทั่วไปคือโรคที่รู้จักกันทั่วไปว่าหนองในเทียม เป็นภัยคุกคามที่สำคัญต่อหมีโคอาลาและจำเป็นต้องได้รับการรักษาเพื่อให้สามารถช่วยชีวิตประชากรของพวกมันได้ อย่างไรก็ตามไม่นานนัก มีการตระหนักว่าการทำลายถิ่นฐานธรรมชาติยังเป็นสาเหตุปัญหาหลักของของหมีโคอาลา ทิศทางของมูลนิธิโคอาลาออสเตรเลียจึงมุ่งสู่การฟื้นสภาพจากการสูญเสียที่อยู่อาศัยของพวกมัน

เดโบราห์ ทาบาร์ต โอเอเอ็ม ได้เป็นผู้นำมูลนิธิโคอาลาออสเตรเลียในฐานะซีอีโอตั้งแต่ปี ค.ศ. 1988 และได้รับการยอมรับจากทั่วโลกในฐานะผู้สนับสนุนโคอาลา หรือรู้จักในฐานะ 'โคอาลาวูแมน'

ปัจจุบัน มูลนิธิโคอาลาออสเตรเลียใช้วิทยาศาสตร์, การเมือง และฐานสนับสนุนทั่วโลกเพื่อชุมนุมเพื่อการเปลี่ยนแปลงในทางนิติบัญญัติ, การพัฒนาการ และในระดับบุคคล