การทดลองเกี่ยวกับยาต้านไวรัสเกิดขึ้นครั้งแรกในปี ค.ศ. 1960 เป็นการทดลองเกี่ยวกับ ไวรัสเริม (herpesvirus) แบบลองผิดลองถูก (trial-and-error) ไวรัสอาจจะกล่าวได้ว่าเป็นกึ่งสารเคมีกึ่งสิ่งมีชีวิตเพราะมันประกอบด้วยจีโนม (genome) และบางครั้งมี เอนไซม์ (enzyme-iocatalysts) สองสามตัวบรรจุอยู่ในแคปซูลที่ทำด้วยโปรตีน และบางครั้งห่อหุ้มด้วยชั้นของ ลิพิด (lipid) ไวรัสไม่สามารถสืบพันธุ์ได้ด้วยตัวของมันเอง แต่สามารถแพร่ข้อมูลของมันโดยการเข้าไปครอบครองเซลล์ (hijacking cells) แล้วบังคับให้เซลล์แพร่พันธุ์โดยมีข้อมูลของมันติดไปด้วย

การพัฒนายาต้านไวรัสยุคแรก นักวิจัยจะเพาะเลี้ยงเซลล์ที่ติดเชื้อไวรัสเป้าหมาย แล้วใส่สารเคมีเข้าไปในเซลล์ที่เพาะเลี้ยงนั้น แล้วสังเกตผลการเปลี่ยนแปลงของเซลล์ที่ติดเชื้อไวรัส ว่าสารเคมีที่ใช้มีผลยับยั้งไวรัสได้หรือไม่. การทำเช่นนี้ใช้เวลามาก กว่าจะค้นพบยาต้านไวรัสซักตัว จนกระทั่งถึงปี ค.ศ. 1980 เมื่อนักวิทยาศาสตร์สามารถค้นพบข้อมูลทางพันธุกรรมของไวรัสทั้งหมด และทราบกลไกการทำงานของมันอย่างละเอียด ซึ่งเปิดช่องทางให้สามารถหาชนิดโมเลกุลของสารเคมี ที่จะไปหยุด หรือรบกวนการการแพร่พันธุ์ของไวรัสได้ง่ายขึ้น. ความฝันของนักวิจัย ในขั้นตอนต่อไปของการค้นคว้าหายาต้านไวรัสคือ การดัดแปลงสารเคมีในร่างมนุษย์เพื่อใช้เป็นยาต้านไวรัส เพราะจะมีผลข้างเคียงน้อยกว่าการใช้สารเคมีจากภายนอกร่างกาย