พ.ศ. 1896 ในสมัยพระเจ้าอู่ทองแห่งกรุงศรีอยุธยา อาณาจักรเขมรก็ถูกกองทัพกรุงศรีอยุธยานำโดยขุนหลวงพระงั่วซึ่งเป็นพี่เมียของพระเจ้าอู่ทองยกทัพโจมตียึดเป็นเมืองขึ้น กองทัพไทยจากพระนครศรีอยุธยาไปรวมกำลังที่นครโคราปุระหรือโคราชหรือนครราชสีมา แล้วแยกกองทัพลงไปโจมตีกัมพูชาเป็น 3 ทางมีทหารไทย มอญ ลาวรวมกันประมาณ 50,000 คนและสามารถทำให้อาณาจักรขอมแตกได้ อาณาจักรเขมรจึงกลายเป็นเมืองขึ้นของอยุธยา เป็นผลให้อาณาจักรเขมรล่มสลายอย่างสิ้นเชิง จนไม่สามารถฟื้นฟูอาณาจักรให้กลับมายิ่งใหญ่ตามเดิมได้