หลังจากนั้นมาเขมรก็กลายเป็นประเทศราชของสยาม ต่อมาในปี พ.ศ. 1936 อาณาจักรเขมรแข็งเมืองจนสมเด็จพระราเมศวร กษัตริย์แห่งกรุงศรีอยุธยาส่งกองทัพไปยึดเมืองพระนครเมืองหลวงของเขมรได้อีกครั้ง ประมาณว่ากองทัพไทยยกทัพไป 2 ทางมีทหารรวมกันระหว่าง 40,000 – 50,000 คน ในขณะที่กองทัพเขมรมีทหารระดมมาจากทั่วแคว้นประมาณ 100,000 คน ต่อมาในปีพ.ศ. 1974 อาณาจักรเขมรเกิดแข็งเมืองไม่ยอมส่งเครื่องบรรณาธิการมายังกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 2 โอรสของเจ้านครอินทร์หรือสมเด็จพระอินทราชายกทัพหลวงจากกรุงศรีอยุธยา คาดกันว่ามีกำลังพลประมาณ 60,000 คนไปตีเมืองพระนครของเขมร ยุทธวิธีรบของทหารไทยจากพระนครศรีอยุธยาจัดกำลังออกเป็น 2 กองทัพแรกคือกองทัพบกมีกำลัง 50,000 คนเข้าตีเขมรตรงด้านหน้ามีทั้งทหารช้าง ทหารม้า ทหารราบเครื่องทำลายกำแพงและทหารธนู กองทัพเรือมีกำลัง 10,000 คนล่องเรือไปทางแม่น้ำโขงเป็นเรือพายขนาดใหญ่จู่โจมทางด้านหลัง ฝ่ายอาณาจักรเขมรนั้นได้เกณฑ์ทหารตั้งรับจากทั่วอาณาจักรมีกำลังมากกว่าทหารไทย ประมาณกันว่ามีจำนวนระหว่าง 70,000 – 75,000 คน ประกอบด้วยพลเดินเท้าใช้ดาบยาว 2 มือและดาบยาวกับโล่หรือดั้งป้องกันตัว ทหารธนูมีกำลังพล 1 ใน 5 ของทหารทั้งหมด กองทหารม้ามีหอกยาว ทวนและโตมรพร้อมกับดาบยาวที่เอว เมืองพระนครของเขมรถูกทำลายจนต้องย้ายเมืองหลวงจากเมืองพระนครไปที่เมืองจตุรพักตร์ที่ตั้งของกรุงพนมเปญในปัจจุบัน และต่อมาย้ายไปเมืองละแวกใกล้ริมทะเลสาบเขมร และย้ายไปเมืองศรีสุนทร และเมืองอุดงมีชัย ตามลำดับ

การที่กองทัพไทยตีเมืองพระนครแตกทำให้ขอมหรือเขมรสิ้นอาณาจักร เขมรอยู่ในการปกครองของไทยเรื่อยมาตั้งแต่สมัย อยุธยา กรุงธนบุรี ถึงกรุงรัตนโกสินทร์ ต่อมาเกิดสงครามอานามสยามยุทธในสมัยรัชกาลที่3 ทำให้กัมพูชากลายเป็นรัฐอารักขาระหว่างสยามและญวณก่อนที่จะตกเป็นอาณานิคมของฝรั่งเศสในเวลาต่อมา