กองทัพญี่ปุ่นกรีฑาทัพเข้าสู่เมืองนานกิง เมืองหลวงของสาธารณรัฐจีนหลังจากที่ยึดเมืองเซี่ยงไฮ้ที่อยู่ริมชายฝั่ง ทหารจีนไม่สามารถรักษาแนวตั้งรับทิศตะวันออกของเมืองได้ เมืองคุนชานในมณฑลเจียงสูก็ถูกยึดภายในสองวัน แนวป้องกันวูฟูแตกในวันที่ 19 พฤศจิกายนและแนวป้องกันซีเฉิงแตกในวันที่ 26 พฤศจิกายน ในบรรดาผู้นำของจีนแนวป้องกันสองแห่งถือเป็นจุดยุทธศาสตร์สำคัญในการป้องกันนานกิง นายพลอาวุโสหลี่ซงเหรินคิดว่าการวางกำลังที่นานกิงจะทำให้เกิดการสูญเสียเปล่าๆ เขาจึงประกาศเปิดเมืองขณะเดียวกันทหารก็ได้รับคำสั่งทำลายทุกสิ่งที่ญี่ปุ่นสามารถใช้ได้หลังจากที่เมืองถูกยึด นายพลอาวุโสไป่ชงซีและที่ปรึกษาพลโทอเล็กซานเดอร์ วอน ไฟล์คเฮาส์เซนจากกองทัพเยอรมนีสนับสนุนแผนของนายพลลี่ แต่จอมพลเจียงไคเช็กคัดค้านอ้างว่าไม่มีความพยายามรักษาต้นทุนทางการเมืองซึ่งจะมีผลกระทบรุนแรงต่อขวัญกำลังใจของทหารและชื่อเสียงของจีนในนานาชาติ จอมพลเจียงกล่าวอีกว่า"ผมเองสนับสนุนให้ปกป้องนานกิงจนตัวตาย" เจียงได้ออกคำสั่งให้ทหารสู้เพื่อรักษาเมืองจนคนสุดท้ายและได้วางกำลังของพลเอกอาวุโสถังเฉิงจื้อรักษาเมืองไว้ 100,000 นาย นายพลถังรู้ดีว่ากองกำลังของเขาเป็นทหารเกณฑ์ที่ไม่ได้รับการฝึกฝนแต่อย่างใดและยังไม่มีความเชื่อมั่นในหน้าที่แต่เขาก็ทำให้เหมือนว่ากองทหารดูแข็งแกร่งต่อหน้าประชาชน อีกทั้งยังมีการก่อเสริมแนวป้องกันกำแพงเมืองโบราณของเมืองนานกิงให้เข้มแข็งขึ้น ในการแถลงข่าววันที่ 27 พฤศจิกายน เขาประกาศว่าทหารของเขาจะตั้งรับกับการโจมตีของญี่ปุ่นแต่ขอให้ชาวตะวันตกในเมืองอพยพออกไปขณะเดียวกันเขายังสั่งทำลายอาคารถางป่าระยะทาง 1 ไมล์จากปริมณฑลของเมืองเพื่อให้กองทัพญี่ปุ่นไม่มีที่กำบังแต่กลับกลายเป็นพิสูจน์ว่าเป็นคำสั่งที่พลาดเพราะทำให้มีปริมาณผู้อพยพลี้ภัยเข้ามาในเมืองมากมายและกำแพงไหม้ไฟที่เกิดจากการเผาทำลายบ้านลวกๆก็เป็นที่กำบังให้ทหารญี่ปุ่นได้อยู่ดี แต่เบื้องหลังนายพลถังกำลังหาวิธีอื่นเพื่อปกป้องเมืองจากญี่ปุ่นโดยให้ชาวตะวันตกในนานกิงเกลี้ยกล่อมจอมพลเจียงให้เขาประกาศเปิดเมืองและเจรจาพักรบกับญี่ปุ่นแต่ก็ล้มเหลว

ในวันที่ 1 ธันวาคม รัฐบาลจีนย้ายออกจากนานกิง ตั้งฉงชิ่งเป็นเมืองหลวงชั่วคราวเป็นเวลาหลายวัน แต่จอมพลเจียงไคเช็กและครอบครัวยังไม่ได้ออกมาจากนานกิงจนกระทั่งวันที่ 7 ธันวาคม ขณะที่ทหารวางกำลังเตรียมการตั้งรับ ฝ่ายพลเรือนก็ถูกปล่อยให้คณะกรรมการนานาชาติโดยมียอน ราเบอ นักธุรกิจชาวเยอรมันเป็นประธาน เมื่อรัฐบาลจีนออกไป ทหารทำลายอาคารและโครงสร้างพื้นฐานภายในเมืองอย่างต่อเนื่องเช่นเดียวกับที่ทำลายนอกกำแพงเมืองเมื่อวันก่อน แต่นโยบายทำลายเมืองสร้างความสูญเสียประมาณระหว่าง 20,000,000 ถึง 30,000,000 ดอลลาร์สหรัฐตั้งแต่ระหว่างเหตุการณ์เซี่ยงไฮ้แตกจนเริ่มยุทธการนานกิง หลังจากที่เจ้าหน้าที่รัฐออกไปจากเมือง ประชาชนก็อพยพออกจากเมืองสร้างความตื่นตระหนกไปทั่ว นายพลถังเฉิงจื้อปิดเส้นทางออกทุกเส้นเพื่อควบคุมความตื่นตระหนกของประชาชนจนไปถึงเผาเรือบนแม่น้ำแยงซีเกียงเพื่อป้องกันไม่ให้ออกจากพื้นที่โดยไม่ได้รับอนุญาต