บริษัท รถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. จำกัด เดิมชื่อ บริษัท เดินรถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. จำกัด โดยจัดตั้งขึ้นเริ่มแรกในนามบริษัทลูกของการรถไฟแห่งประเทศไทย เพื่อดำเนินการ โครงการรถไฟฟ้าเชื่อมท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ ในเชิงพาณิชย์ โดยไม่ให้ขัดกับพระราชบัญญัติการรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย พ.ศ. 2543 ที่บริษัทเดินรถไฟฟ้าจะต้องเป็นเอกชนอย่างเดียวเท่านั้น โดยความเห็นในการจัดตั้งบริษัทนี้ ส่วนหนึ่งมาจากความไม่ยินยอมของคณะกรรมการการรถไฟแห่งประเทศไทย หรือ บอร์ด ร.ฟ.ท. ที่ลงความเห็นไม่เห็นด้วยกับข้อกำหนดของ พรบ. และแสดงทีท่าว่าไม่ยินยอมที่จะเปิดประมูลโครงการรถไฟฟ้าเชื่อมท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ ในรูปแบบการว่าจ้างให้เอกชนเข้ามาเดินรถ และต้องการที่จะนำโครงการมาดำเนินการด้วยตนเอง

หลังจากจัดตั้งบริษัทได้ไม่นานก็เกิดปัญหาหลายๆ อย่างตามมา ทั้งผู้รับเหมาโครงการก่อสร้าง และบริษัทเจ้าของรถไฟฟ้าที่รับผิดชอบอยู่ในขณะนั้น ไม่ยินยอมลงนามมอบอำนาจให้การรถไฟแห่งประเทศไทย และ บริษัท เดินรถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. จำกัด มาดำเนินโครงการต่อไป เพราะเห็นว่าเป็นบริษัทที่จัดตั้งขึ้นมาอย่างฉุกเฉิน และยังไม่มีประสบการณ์พอที่จะสามารถดำเนินการโครงการรถไฟฟ้าได้ด้วยตนเอง การรถไฟแห่งประเทศไทยจึงต้องใช้เวลาอย่างมากในการไกล่เกลี่ยกับผู้รับเหมาโครงการก่อสร้าง จนในที่สุดก็ลงความเห็นที่จะจัดตั้ง บริษัท เดินรถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. จำกัด ขึ้น โดยมีบริษัท Deutsche Bahn AG จำกัด จากประเทศเยอรมนี เป็นผู้ดูแล โดยมีทุนจดเพียงทะเบียน 1 ล้านบาท เท่านั้น

หลังจากเริ่มดำเนินการมาตั้งแต่วันที่ 23 สิงหาคม พ.ศ. 2553 ในวันที่ 12 กันยายน พ.ศ. 2555 คณะกรรมการนโยบายรัฐวิสาหกิจ ได้เห็นชอบที่จะยก บริษัท รถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. จำกัด ออกมาเป็นรัฐวิสาหกิจแห่งใหม่ โดยจัดให้อยู่ในสังกัดกระทรวงคมนาคม โดยมีกระทรวงการคลังถือหุ้น 100% เต็ม ทั้งนี้กระทรวงการคลังมีประสงค์เพื่อที่จะปรับสภาพการเงินภายในบริษัทให้คล่องตัวมากขึ้น และเพื่อให้บริษัทสามารถเข้าแข่งขันในเส้นทางกับเอกชนรายอื่น ๆ ได้

ปัจจุบันมีพลเอก ธวัชชัย สมุทรสาคร เป็นประธานกรรมการบริหาร[1]

ต่อมาในวันที่ 15 พฤษภาคม พ.ศ. 2562 คณะกรรมการนโยบายรัฐวิสาหกิจเห็นชอบให้พัฒนาบริษัท รถไฟฟ้า ร.ฟ.ท. จำกัด เป็นบริษัทลูกของการรถไฟแห่งประเทศไทย เพื่อเดินรถและซ่อมบำรุงโครงการรถไฟฟ้าชานเมืองสายสีแดง ตามที่กระทรวงคมนาคมเสนอ โดยให้ปรับปรุงแผนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความสามารถในการหารายได้และทำกำไร และให้กระทรวงคมนาคมแต่งตั้งคณะกรรมการกำกับติดตามการดำเนินโครงการให้มีประสิทธิภาพได้มาตรฐานเทียบเท่าเอกชน เป็นไปตามแผนการดำเนินงานและตัวชี้วัดที่กำหนด โดยไม่เป็นภาระของภาครัฐในอนาคต[2]