รถไฟเร็วเขตเมืองมิวนิกมีทั้งหมด 8 สาย ให้บริการพื้นที่เมืองมิวนิกชั้นในในลักษณะที่ทุกสายใช้รางคู่เพียงหนึ่งเส้นทางหรือเรียกว่า "Stammstrecke" (เส้นทางแกน) ในภาษาเยอรมัน ผ่านสถานีสำคัญต่าง ๆ กลางเมือง รับผู้โดยสารจากระบบรถไฟฟ้าใต้ดินและขนส่งมวลชนอื่น ๆ และแยกเส้นทางออกเป็นแต่ละสายเมื่อออกพื้นที่ชานเมืองและชนบทใกล้มิวนิก รถไฟเร็วเขตเมืองมิวนิกให้บริการด้วยความถี่หลัก 20 นาทีต่อขบวน บางเส้นทางให้บริการด้วยความถี่ 30-60 นาทีต่อขบวน ส่วนในชั่วโมงเร่งด่วนสามารถเพิ่มความถี่จาก 20 นาทีเป็น 10 นาทีต่อขบวนได้โดยการเพิ่มขบวนรถ เส้นทางทั้ง 8 สายแสดงหมายเลขและสถานีปลายทางทั้งสองฝั่ง ดังนี้