ระบบท่อมัลพิเกียน (อังกฤษ: Malpighian tubule system) เป็นระบบขับถ่ายและรักษาสมดุลสารละลายที่พบใน แมลง ไมเรียพ็อด อะแรคนิด และทาร์ดิเกรดบางชนิดประกอบด้วยท่อที่แตกเป็นแขนง ยื่นออกมาจากท่อทางเดินอาหาร ทำหน้าที่ดูดซับสารละลาย น้ำและของเสียจากฮีโมลิมพ์ที่อยู่รอบ ๆ โดยหลังจากนั้น ของเสียจะถูกปล่อยออกนอกตัวในรูปของสารประกอบไนโตรเจนที่เป็นของแข็ง และแคลเซียมออกซาเลต ระบบนี้ตั้งชื่อตามมาร์เซลโล มัลพิกิ (Marcello Malpighi) นักกายวิภาคศาสตร์ในคริสต์ศตวรรษที่สิบเจ็ดยังไม่มีความชัดเจนว่าท่อมัลพิเกียนของสัตว์จำพวกอะแรคนิดกับยูนิราเมีย เป็นโครงสร้างที่มีต้นกำเนิดเดียวกัน หรือเป็นผลของวิวัฒนาการเบนเข้า