ระบบนิเวศทางน้ำมีหน้าที่ที่สำคัญมากกับสิ่งแวดล้อม ตัวอย่างเช่น การหมุนเวียนสารอาหาร น้ำบริสุทธิ์ บรรเทาน้ำท่วม เป็นแหล่งพลังงานของน้ำใต้ดินและเป็นที่อยู่ของสัตว์ป่า นอกจากนี้ระบบนิเวศในน้ำยังใช้เป็นที่พักผ่อนหย่อนใจของมนุษย์ และมีความสำคัญมากในอุตสาหกรรมการท่องเที่ยวโดยเฉพาะในบริเวณชายฝั่งทะเล

ความสมบูรณ์ของระบบนิเวศในน้ำจะถูกย่อยสลายเมื่อความสามารถของระบบนิเวศในการดูดซับความเครียด(stress)ได้รับมากเกิน ความเครียดในระบบนิเวศทางน้ำสามารถเป็นผลลัพธ์ทางการเปลี่ยนแปลงกายภาพ เคมี และทางชีวภาพของสิ่งแวดล้อม การเปลี่ยนแปลงทางกายภาพครอบคลุมถึงอุณหภูมิของน้ำ การไหลของน้ำ และแสงที่ส่องถึง การเปลี่ยนแปลงทางเคมีรวมถึงการเปลี่ยนแปลงอัตราการกระตุ้นสารอาหารทางชีวภาพ เป็นวัตถุดิบในการใช้เผาผลาญออกซิเจนและสารพิษ การเปลี่ยนแปลงทางชีวภาพครอบคลุมถึงเก็บเกี่ยวที่มากเกินสายพันธุ์ในเชิงพาณิชย์และการเปิดตัวของสายพันธุ์ที่แปลกใหม่ ประชากรมนุษย์สามารถกำหนดความเครียดที่มากเกินไประบบนิเวศทางน้ำ มีตัวอย่างมากมายของความเครียดที่มากเกินไปกับผลกระทบเชิงลบ ประวัติศาสตร์สิ่งแวดล้อมของทะเลสาบขนาดใหญ่ของทวีปอเมริกาเหนือแสดงให้เห็นถึงปัญหานี้โดยเฉพาะอย่างยิ่งวิธีการที่หลายเท่าของความเครียด(stress) เช่น มลพิษของน้ำ การเก็บเกี่ยวที่มากกเกินไป และการแพร่กระจายสายพันธุ์ต่างถิ่น Norfolk Broadlands ในอังกฤษแสดงให้เห็นถึงการปฏิเสธในลักษณะเดียวกับมลพิษและการแพร่กระจายพันธุ์ ทะเลสาบ Pontchartrain ตามแนวอ่าวเม็กซิโกแสดงให้เห็นถึงผลกระทบของความเครียดที่แตกต่างกันรวมทั้งการก่อสร้างเขื่อนกั้นน้ำ หนองน้ำ การบุกรุกน้ำเค็ม