ระบบนิเวศประกอบด้วยชุมชนของสิ่งมีชีวิตซึ่งมีโครงสร้างโดยการมีปฏิสัมพันธ์ทางชีวภาพและปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมของสิ่งมีชัวิตและปัจจัยบางประการที่สำคัญของสิ่งไม่ชีวิตของระบบนิเวศในน้ำครอบคลุมถึงชนิดของสารตั้งต้น ความลึกของน้ำ ระดับของสารอาหาร อุณหภูมิ ความเค็ม และการไหล มันมักจะเป็นเรื่องยากที่จะกำหนดความสำคัญที่เทียบเคียงกันของปัจจัยเหล่านี้ได้โดยไม่ต้องทดลอง ดินตะกอนอาจกำหนดสถานะของพืชน้ำ แต่พืชน้ำอาจดักตะกอนและเพิ่มตะกอนผ่านถ่านหินชนิดร่วน

ปริมาณออกซิเจนที่ละลายอยู่ในแหล่งน้ำเป็นสิ่งสำคัญที่จะบ่งบอกสภาวะแวดล้อม และชนิดของสิ่งมีชีวิตในแหล่งน้ำ ปลาต้องการออกซิเจนที่ละลายอยู่ในน้ำเพื่อความอยู่รอด ถึงแม้ว่าพวกมันจะมีความอดทนต่อออกซิเจนที่ต่ำและความแตกต่างกันระหว่างสายพันธุ์ ในกรณีที่ออกซิเจนต่ำมากบางปลาตัวจะหันไปพึ่งการกลืนอากาศ พืชมักจะมีการผลิต aerenchyma ในขณะที่รูปร่างและขนาดของใบอาจมีการเปลี่ยนแปลง ในทางตรงกันข้ามออกซิเจนจะเป็นอัตรายอย่างมากกับแบคทีเรียที่ไม่ต้องการออกซิเจน (anaerobic bacteria)ระดับสารอาหารมีความสำคัญในการควบคุมความอุดมสมบูรณ์ของสาหร่ายหลายสายพันธุ์ ความอุดมสมบูรณ์ที่มีความสัมพันธ์ของไนโตรเจนและฟอสฟอรัสมีผลต่อการตรวจสอบซึ่งสายพันธุ์ของสาหร่าย สาหร่ายเป็นแหล่งอาหารที่สำคัญสำหรับสัตว์น้ำ แต่ในขณะเดียวกันถ้าพวกมันมีความอุดมสมบูรณ์มากกว่า พวกมันสามารถเป็นสาเหตุการลดลงของปลาเมื่อพวกมันเสื่อมสลาย ในทำนองเดียวกันมากกว่าความสมบูรณ์ของสาหร่ายในสภาพแวดล้อมชายฝั่งทะเล เช่น อ่าวแม็กซิโกที่ผลิตเมื่อมีการสลายตัวของพื้นที่ที่ขาดออกซิเจนว่าเป็นพื้นที่ของน้ำที่รู้จักกันดีในฐานะโซนที่ตายแล้ว

ความเค็มของแหล่งน้ำยังเป็นปัจจัยในการพิจารณาของสายพันธุ์ที่พบในแหล่งน้ำ สิ่งมีชีวิตในทะเลจะมีความทนต่อการเค็ม ในขณะที่สิ่งมีชีวิตในน้ำจืดจะไม่มีความทนต่อความเค็ม ระดับความเค็มในบริเวณปากแม่น้ำ หรือสามเหลี่ยมปากแม่น้ำ มีความสำคัญต่อการควบคุมที่ขึ้นกับชนิดของ Wetland (น้ำจืด,น้ำกร่อย)และสายพันธุ์สัตว์ที่เกี่ยวข้อง การสร้างเขื่อนที่ต้นน้ำอาจลดการเกิดน้ำท่วมได้ และลดปริมาณตะกอนที่ทับถม จึงอาจนำไปสู่การบุกรุกน้ำเค็มในพื้นที่ชุ่มน้ำชายฝั่งทะเลน้ำจืดที่ใช้สำหรับวัตถุประสงค์การชลประทานมักจะดูดซับระดับของเกลือที่เป็นอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตในน้ำจืดไว้