รัชตะ รัชตะนาวิน เคยทำหน้าที่ในตำแหน่งหัวหน้าภาควิชาอายุรศาสตร์ คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล (พ.ศ. 2542 – 2547), อนุกรรมการศึกษาวิจัยเกี่ยวกับการควบคุมอันตรายในการใช้ยา สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา กระทรวงสาธารณสุข (พ.ศ. 2538 – 2542), ประธานวิชาการราชวิทยาลัยอายุรแพทย์แห่งประเทศไทย (พ.ศ. 2547 – 2548), กรรมการบริหารราชวิทยาลัยอายุรแพทย์แห่งประเทศไทย (พ.ศ. 2543 – 2547), อุปนายกสมาคมต่อมไร้ท่อแห่งประเทศไทย (พ.ศ. 2545 – 2547) และประธานวิชาการ สมาคมต่อมไร้ท่อแห่งประเทศไทย (พ.ศ. 2535 – 2543)[4]และเคยได้รับรางวัลนักวิทยาศาสตร์ดีเด่น ประจำปี 2548 ในสาขาวิทยาศาสตร์การแพทย์ จากมูลนิธิส่งเสริมวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีในพระบรมราชูปถัมภ์ คู่กับ บุญส่ง องค์พิพัฒนกุล