รัชตะ รัชตะนาวิน จบการศึกษาจาก Fellow of the American College of Endocrinology, Fellow in Endocrinology, University of Massachusetts Medical School, U.S.A., อนุมัติบัตรผู้เชี่ยวชาญสาขาต่อมไร้ท่อและเมตาบอลิสม์ จากราชวิทยาลัยอายุรแพทย์ฯ, วุฒิบัตรผู้เชี่ยวชาญสาขาอายุรศาสตร์ จากมหาวิทยาลัยมหิดล และแพทยสภา, อนุมัติบัตรสาขาเวชศาสตร์ครอบครัว จากแพทยสภา, ประกาศนียบัตรชั้นสูงสาขาอายุรศาสตร์ จากมหาวิทยาลัยมหิดล, แพทยศาสตร์บัณฑิต จากคณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล และวิทยาศาสตร์บัณฑิตสาขาวิทยาศาสตร์การแพทย์ จากคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล[3] รัชตะ รัชตะนาวิน สมรสแล้วกับ รศ.พญ.ณัฏฐา รัชตะนาวิน