จากนั้นคณะทหารแห่งชาติ จึงให้ พ.ต.ควง อภัยวงศ์ หัวหน้าพรรคประชาธิปัตย์ ซึ่งเป็นพรรคฝ่ายค้านขึ้นดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี โดยให้สัญญาว่าจะไม่แทรกแซงการทำงาน ซึ่งคณะทหารแห่งชาติได้ตั้งสภาขึ้นมา ใช้ชื่อว่า "คณะรัฐมนตรีสภา" และจัดการเลือกตั้งขึ้นในวันที่ 29 มกราคม พ.ศ. 2491 พรรคประชาธิปัตย์ได้คะแนนเสียงข้างมาก พ.ต.ควง อภัยวงศ์ จึงดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีต่อเป็นรัฐบาลพลเรือน แต่ทว่า ในวันที่ 6 เมษายน พ.ศ. 2491 คณะนายทหารในกลุ่มคณะทหารแห่งชาติ 4 คน ก็ได้ทำการบีบบังคับให้ พ.ต.ควง อภัยวงศ์ ลาออก และแต่งตั้งจอมพล แปลก พิบูลสงคราม เป็นนายกรัฐมนตรีแทน

ผลจากรัฐประหารในครั้งนี้ ได้พลิกโฉมหน้าการเมืองไทยไปโดยสิ้นเชิง เป็นรัฐประหารที่ได้รับเสียงสนับสนุนจากประชาชน มีการวิเคราะห์ว่า รัฐบาล พ.ต. ควง อภัยวงศ์ แม้จะได้รับการแต่งตั้งและเลือกตั้งมา ก็ไม่มีอำนาจและไม่มีประสิทธิภาพเพียงพอ เพราะอำนาจที่แท้จริงยังอยู่ที่คณะนายทหาร ซึ่งหลังจากนี้พรรคประชาธิปัตย์ ที่เพิ่งก่อตั้งมาก่อนหน้านี้ไม่นาน ก็มีความแตกแยกกันเองภายในพรรค สืบเนื่องจากการพิจารณาการขึ้นเงินเดือนสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร (ส.ส.) และการเข้ารับตำแหน่งรัฐมนตรีในคณะรัฐบาลจอมพล ป. ของสมาชิกพรรคบางคน ทำให้สมาชิกพรรคหลายคนได้ลาออก เช่น ม.ร.ว.คึกฤทธิ์ ปราโมช เลขาธิการพรรค, นายเลียง ไชยกาล, นายสุวิชช พันธเศรษฐ, นายโชติ คุ้มพันธ์ เป็นต้น ถือเป็นความแตกแยกกันของพรรคเป็นครั้งแรก[2]

และที่สำคัญที่สุดรัฐประหารครั้งนี้เป็นการขจัดกลุ่มอำนาจเก่าของ นายปรีดี พนมยงค์ ให้สิ้นไปจากเวทีการเมือง ซึ่งหลังจากนั้น นายปรีดี ต้องขอลี้ภัยการเมืองที่ต่างประเทศไม่อาจกลับมาประเทศไทยได้อีกเลย ตราบจนสิ้นชีวิต แม้จะมีความพยายามกลับมาทำกบฏวังหลวงในปี พ.ศ. 2492 ก็ไม่สำเร็จ และต้องเผชิญกับข้อกล่าวหาว่าอยู่เบื้องหลังการสวรรคตของรัชกาลที่ 8 ด้วย ซึ่งต่อมาจอมพล ป. พิบูลสงคราม ที่เลิกเล่นการเมืองไปแล้วได้หวนคืนสู่อำนาจอีกครั้ง และอยู่ในตำแหน่งนายกรัฐมนตรีนานถึง 9 ปี ด้วยกัน โดยมีกรณีที่สำคัญ คือ การฟ้องและประหารชีวิตผู้ต้องหาจากคดีสวรรคต [3]