ปะลิสเดิมเป็นส่วนหนึ่งของเมืองไทรบุรี แม้ว่าบางครั้งจะอยู่ภายใต้การปกครองของสยามหรืออาเจะฮ์ก็ตาม หลังจากสยามปราบไทรบุรีได้ในปี พ.ศ. 2364 (ค.ศ. 1821) อังกฤษก็รู้สึกว่าผลประโยชน์ของตนในเมืองเปรักถูกคุกคาม

ผลทำให้ในปี พ.ศ. 2369 (ค.ศ. 1826) เกิดข้อตกลงระหว่างสยามและสองรัฐมลายูในนามของเจ้าผู้ครองนคร ในสนธิสัญญาเบอร์นีได้เนรเทศสุลต่านอาห์มัด ตาจุดดิน ออกจากตำแหน่งเจ้าผู้ครองนครไทรบุรี ไม่สามารถกลับเข้ามาปกครองได้อีกจนกระทั่งปี พ.ศ. 2385 (ค.ศ. 1842) โดยยอมรับอำนาจของสยามในที่สุด

แต่อย่างไรก็ตาม จากความไม่ไว้วางใจของสยามในตัวเจ้าผู้ครองนคร ทำให้สยามแยกไทรบุรีออกเป็นสี่ส่วนขึ้นตรงต่อกรุงเทพมหานคร ได้แก่ สตูล ปะลิส ไทรบุรี และกุบังปาสู

ซัยยิด ฮุสเซน ญะมาลุลลัยล์ ผู้มีพื้นเพมาจากอำเภอจะนะ จังหวัดสงขลา ซึ่งเป็นหลานของสุลต่านไทรบุรี ได้กลายเป็นรายาองค์แรกของเมืองปะลิส ผู้สืบสกุลของรายาองค์นี้ยังคงปกครองปะลิส แต่เป็นในฐานะรายา แทนที่ฐานะสุลต่าน

ต่อมา สนธิสัญญาอังกฤษ–สยาม พ.ศ. 2452 บังคับให้สยามต้องสละเมืองปะลิสให้กับอังกฤษ พร้อม ๆ กับเมืองไทรบุรี เมืองกลันตัน และเมืองตรังกานู โดยอังกฤษได้แต่งตั้งผู้แทนของอังกฤษขึ้นในเมืองอาเรา