เมื่อราว พ.ศ. 1800 เจ้าชายปรเมศวรได้ทรงอพยพออกจากปาเล็มบัง เหตุเนื่องด้วยการรุกรานจากอาณาจักรมัชปาหิต ซึ่งก่อนที่จะมาถึงมะละกานั้น เจ้าชายปรเมศวรได้เข้าไปตั้งเมืองอยู่ที่ตูมาซิก (Tumasik) หรือเตมาเซ็ก หรือสิงคโปร์ในปัจจุบัน แต่เนื่องด้วยในตอนนั้นตูมาซิกตกอยู่ใต้อำนาจของสยาม ส่งผลให้เกิดความขัดแย้งกับสยามและเจ้าชายองค์นี้จึงต้องออกเดินทางออกมา จนมาถึงที่มะละกา มาสร้างเมืองใหม่ที่นี่และกลายเป็นจักรวรรดิการค้าที่ยิ่งใหญ่ในอีก 200 ปีต่อมา และเป็นแหล่งแรกที่ศาสนาอิสลามเข้าสู่มาเลเซียผ่านทางพ่อค้ามุสลิมอินเดียที่มาจากปาไซ และเปลี่ยนการปกครองมาเป็นระบอบสุลต่าน

ต่อมา พ.ศ. 2052 โปรตุเกสเดินทางมาถึงมะละกาเพื่อขอตั้งสถานีการค้าแต่ถูกปฏิเสธ จนนำไปสู่สงครามระหว่างโปรตุเกส-มะละกา ซึ่งโปรตุเกสเป็นฝ่ายชนะเมื่อ 24 สิงหาคม พ.ศ. 2054 มะละกาถูกเนเธอร์แลนด์ยึดครองเมื่อ พ.ศ. 2184 หลังจากเนเธอร์แลนด์ขับไล่โปรตุเกสออกไป ต่อมามะละกากลายเป็นอาณานิคมของอังกฤษตามสนธิสัญญาอังกฤษ-เนเธอร์แลนด์ พ.ศ. 2367

ภายใต้การปกครองของอังกฤษ มะละการวมกับปีนังและสิงคโปร์ในชื่อนิคมช่องแคบซึ่งแยกต่างหากจากสหพันธรัฐมลายู หลังสงครามโลกครั้งที่ 2 มะละกาเข้ารวมอยู่ในสหภาพมาลายา และกลายเป็นส่วนหนึ่งของมาเลเซียเมื่อมาเลเซียได้รับเอกราชจากอังกฤษ