รัฐเชียงตุงปกครองด้วยระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ มีเจ้าฟ้าเป็นผู้ปกครอง ใช้พระนามว่า เขมาธิปติราชา[3][22] เช่น รัตนภูมินทะนรินทาเขมาธิปติราชา[23] หรือ พญาศรีสุธรรมกิตติ สิริเมฆนรินทร์ เขมาธิปติราชา[1] ในยุคเริ่มต้น เชียงตุงมีฐานะเป็นประเทศราชของอาณาจักรล้านนา มีเจ้าผู้ครองปกครองตนเองด้วยจารีตท้องถิ่น และได้รับเกียรติเรียกเจ้าผู้ครองเชียงตุงว่า "พระหัวเจ้า" เชียงตุงต้องแสดงความจงรักภักดีต่อราชธานีที่ยิ่งใหญ่กว่าด้วยการประกอบพิธีถือน้ำพิพัฒน์สัตยา[24]

ล้านนามักส่งลูกหลานกษัตริย์หรือขุนนางที่ใกล้ชิดจากเชียงใหม่ปกครองเชียงตุง แต่ในช่วงพุทธศตวรรษที่ 24 เป็นต้นมา เชียงตุงยอมรับอำนาจของพม่า ส่วนเชียงใหม่ยอมรับอิทธิพลของสยาม ความขัดแย้งระหว่างสยามและพม่าส่งผลต่อความสัมพันธ์ระหว่างเชียงใหม่และเชียงตุง จนก่อให้เกิดสงครามเชียงตุงช่วงต้นรัตนโกสินทร์[24]

เจ้าผู้ครองรัฐเป็นผู้บริหารและใช้อำนาจเต็ม ปกครองประชากรด้วยความผาสุก กอปรด้วยความอารีอย่างบิดากับบุตร หากมีผู้ใดกระทำผิดก็จะใช้อำนาจเด็ดขาดในการปราบปราม เช่น หากมีผู้ใดโกรธชักดาบออกจากฝักเพียงฝ่ามือเดียวจะถูกปรับไหมเป็นเงินหลายรูปี เป็นต้น[25] ทั้งนี้รัฐเชียงตุงยังมีนครรัฐน้อย ๆ ในอำนาจตนเองจำนวนหนึ่งเช่น รัฐเมืองสาด และรัฐเมืองปู่[15][26]