รางวัลนักวิทยาศาสตร์ดีเด่น เป็นรางวัลเพื่อเชิดชูเกียรตินักวิทยาศาสตร์ไทยที่มีผลงานดีเด่น โดยจะประกาศรางวัลในต้นเดือนสิงหาคมของทุกปี และมอบรางวัลในวันที่ 18 สิงหาคม ซึ่งเป็น "วันวิทยาศาสตร์แห่งชาติ" โดยถือเป็นที่ยอมรับในวงการวิชาการว่ารางวัลนี้เป็นรางวัลสูงสุดของประเทศสำหรับนักวิทยาศาสตร์พื้นฐานและนักวิทยาศาสตร์ประยุกต์ โดยมีรางวัลเป็นโล่พระราชทานของสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวมหาวชิราลงกรณ บดินทรเทพยวางกูร และเงินรางวัล 200,000-400,000 บาท พระราชทานโดยสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ในวันที่ 18 สิงหาคม ของทุกปี ซึ่งเป็น "วันวิทยาศาสตร์แห่งชาติ" ที่งานมหกรรมวิทยาศาสตร์แห่งชาติพร้อมกันกับรางวัลนักวิทยาศาสตร์รุ่นใหม่ รางวัลนี้สนับสนุนโดย มูลนิธิส่งเสริมวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีในพระบรมราชูปถัมภ์ สวทช. สกว. และเครือซีเมนต์ไทยรางวัลนี้ริเริ่มโดยกลุ่มนักวิทยาศาสตร์ไทยที่มีความห่วงใยต่อสภาวการณ์ที่วิทยาศาสตร์พื้นฐาน ซึ่งเป็นเสมือนเสาหลักสำหรับความก้าวหน้าทางเทคโนโลยี ไม่ได้รับความสนใจและสนับสนุนเท่าที่ควรจากผู้บริหารและประชาชนทั่วไปในขณะนั้น เยาวชนไทยมีความสนใจมากกว่าในวิทยาศาสตร์ประยุกต์ เช่น วิทยาศาสตร์การแพทย์ วิศวกรรมศาสตร์ ทั้งที่ประเทศไทยมีนักวิทยาศาสตร์พื้นฐานที่มีศักยภาพสูงอยู่ไม่น้อย และหากได้รับการสนับสนุนอย่างจริงจัง จะสามารถส่งต่อผลงานเพื่อพัฒนาวิทยาศาสตร์ประยุกต์ต่อไปได้ จึงได้เกิดความคิดที่จะรณรงค์ให้คนไทยตื่นตัวและภูมิใจในนักวิทยาศาสตร์ไทย เป็นที่มาของการจัดมอบรางวัลนักวิทยาศาสตร์ดีเด่นประจำปี นอกจากรางวัลนักวิทยาศาสตร์ดีเด่นแล้ว ทางมูลนิธิฯ ยังจัดมอบ รางวัลนักวิทยาศาสตร์รุ่นใหม่รางวัลนักเทคโนโลยีดีเด่น และ รางวัลนักเทคโนโลยีรุ่นใหม่ อีกด้วย