ปัจจุบัน ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ฉบับภาพยนตร์ มีทั้งสิ้น 24 ตอน (มีลิขสิทธิ์ในไทยแล้วทั้งหมด) ดังนี้

• คดีปริศนาระเบิดระฟ้า (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 時計じかけの摩天楼 โรมาจิ: Meitantei Konan Tokei Jikake no Matenrō) ; อังกฤษ: The Time-Bombed Skyscraper)
• คดีฆาตกรรมไพ่ปริศนา (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 14番目の標的 (ターゲット) โรมาจิ: Meitantei Konan Jyuuyon (14) banme no Tagetto (TARGET)) ; (อังกฤษ: The Fourteenth Target)
• ปริศนาพ่อมดคนสุดท้ายแห่งศตวรรษ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 世紀末の魔術師 โรมาจิ: Meitantei Konan Seikimatsu no Majutsushi) ; (อังกฤษ: The Last Wizard of the Century)
• คดีฆาตกรรมนัยน์ตามรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 瞳の中の暗殺者 โรมาจิ: Meitantei Konan Hitomi no Naka no Ansatsusha) ; (อังกฤษ: Captured in Her Eyes)
• คดีปริศนาเส้นตายสู่สวรรค์ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 天国へのカウントダウン โรมาจิ: Meitantei Konan Tengoku He no Kauntodaun (COUNTDOWN)) ; (อังกฤษ: Countdown to Heaven)
• ปริศนาบนถนนสายมรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン ベイカー街 (ストリート) の亡霊 โรมาจิ: Meitantei Konan Beikā Sutorīto (BAKER STREET) no Bōrei) ; (อังกฤษ: The Phantom of Baker Street)
• คดีฆาตกรรมแห่งเมืองปริศนา (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 迷宮の十字路 (クロスロード) โรมาจิ: Meitantei Konan Meikyū no Kurosurōdo (CROSSROAD)) ; (อังกฤษ: Crossroad in the Ancient Capital)
• มนตราแห่งรัตติกาลสีเงิน (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 銀翼の奇術師 (マジシャン) โรมาจิ: Meitantei Konan Ginyoku no Majishan (MAGICIAN)) ; (อังกฤษ: Magician of the Silver Sky)
• ยุทธการเหนือห้วงทะเลลึก (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 水平線上の陰謀 (ストラテジー) โรมาจิ: Meitantei Konan Suiheisenjō no Sutoratejī (STRATEGY)) ; (อังกฤษ: Strategy Above the Depths)
• บทเพลงมรณะแด่เหล่านักสืบ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 探偵たちの鎮魂歌 (レクイエム) โรมาจิ: Meitantei Konan Tantei tachi no Rekuiemu (REQUIEM)) ; (อังกฤษ: The Private Eyes' Requiem)
• ปริศนามหาขุมทรัพย์โจรสลัด (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 紺碧の棺 (ジョリー・ロジャー) โรมาจิ: Meitantei Konan Konpeki no Jorī Rojā (JOLLY ROGER)) ; (อังกฤษ: Jolly Roger in the Deep Azure)
• บทบรรเลงแห่งความตาย (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 戦慄の楽譜 (フルスコア) โรมาจิ: Meitantei Conan Senritsu no Furu Sukoa (FULL SCORE)) ; (อังกฤษ: Full Score of Fear)
• ปริศนานักล่าทรชนทมิฬ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 漆黒の追跡者 (チェイサー) โรมาจิ: Meitantei Conan Shikkoku no Chasar (CHASER)) ; (อังกฤษ: The Raven Chaser)
• ปริศนามรณะเหนือน่านฟ้า (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 天空の難破船 (ロスト・シップ)  โรมาจิ: Meitantei Conan Tenkuu no Rosuto Shippu (LOST SHIP)) ; (อังกฤษ: The Lost Ship In The Sky)
• 15 นาทีเฉียดวิกฤติมรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 沈黙の15分 (クオーター)  โรมาจิ: Meitantei Konan Chinmoku no Kwota (QUARTER)) ;(อังกฤษ: Quarter of Silence)
• ปริศนาระทึก-ศึกลูกหนังมรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 11人目のストライカー  โรมาจิ: Meitantei Konan Jūichi Ninme no Sutoraika (STRIKER)) ; (อังกฤษ: The Eleventh Striker)
• ฝ่าวิกฤติเรือรบมรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 絶海の探偵 (プライベート・アイ)  โรมาจิ: Meitantei Konan Zekkai no Puraibeto Ai (PRIVATE EYE)) ; (อังกฤษ: Private Eye in the Distant Sea)
• ปริศนากระสุนมรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 異次元の狙撃手 (スナイパー)  โรมาจิ: Meitantei Konan Ijigen no Sunaipa (SNIPER)) ; (อังกฤษ: Dimensional Sniper)
• ปริศนาทานตะวันมรณะ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 業火の向日葵 (ひまわり)  โรมาจิ: Meitantei Konan Gōka no himawari) ; (อังกฤษ: Sunflowers of Inferno)
• ปริศนารัตติกาลทมิฬ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン 純黒の悪夢 (ナイトメア)  โรมาจิ: Meitantei Konan Junkoku no Naitomae (NIGHTMARE)) ; (อังกฤษ: The Darkest Nightmare)
• ปริศนาเพลงกลอนซ่อนรัก (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン から紅の恋歌 (ラブレター)  โรมาจิ: Meitantei Konan Kara kurenai no raburetā (LOVE LETTER)) ; (อังกฤษ: The Crimson Love Letter)
• ปฏิบัติการสายลับเดอะซีโร่ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン ゼロの執行人 โรมาจิ: Meitantei Conan: Zero no Shikkōnin) ; (อังกฤษ: Zero the Enforcer)
• ศึกชิงอัญมณีสีคราม (ญี่ปุ่น: Detective Conan: The Fist of Blue Sapphire โรมาจิ: 名探偵コナン 紺青の拳  ทับศัพท์: Meitantei Conan: Konjō no Fisuto)

และภาพยนตร์ฉบับพิเศษ 1 ตอน คือ

• ลูแปงที่ 3 ปะทะ ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน เดอะมูฟวี่ (ญี่ปุ่น: ルパン三世VS名探偵コナン : 映画  โรมาจิ: Rupan Sansei VS Meitantei Konan:The Movie ) ; (อังกฤษ: Lupin III vs. Detective Conan: The Movie) ชื่ออาจเหมือนกับตอนที่ฉายพิเศษทางโทรทัศน์แต่เป็นคนละเนื้อหากัน เป็นตอนใหม่และเป็นฉบับภาพยนตร์