ดูบทความหลักที่: ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน โอวีเอ

ตอนพิเศษ หรือ OVA (Original Video Animation) แบ่งเป็น 2 ประเภทใหญ่ ๆ ด้วยกัน คือ Shōnen Sunday's Original Video Animation และ Magic File/Bonus File

Shōnen Sunday's Original Video Animation

เป็นตอนพิเศษที่สร้างขึ้นโดยโชเน็นซันเดย์ เริ่มตั้งแต่ พ.ศ. 2544 เป็นต้นมา มีการจัดทำออกมาปีละ 1 ตอน และจะแถมมาพร้อมกับหนังสือโชเน็นซันเดย์ โดยเนื้อเรื่องไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกับเนื้อหาหลักของเรื่อง และยังไม่มีการแปลและวางจำหน่ายในประเทศไทย ในปัจจุบัน (พฤษภาคม 2555) มีทั้งหมด 12 ตอน

• โคนันปะทะคิดปะทะไยบะ - ศึกแตกหักชิงดาบล้ำค่า (Conan vs Kid vs Yaiba - The Grand Battle for the Treasure Sword!!) (ญี่ปุ่น: コナンvsキッドvsヤイバ 宝刀争奪大決戦!! โรมาจิ: Konan tai Kiddo tai Yaiba Hōtō Soudatsu Daikessen!!)
• สิบหก ผู้ต้องสงสัย!? (16 Suspects!?) (ญี่ปุ่น: 16人の容疑者!? โรมาจิ: Jūrokunin no Yōgisha!?)
• โคนัน และ เฮย์จิ และเด็กที่หายตัวไป (Conan and Heiji and the Vanished Boy) (ญี่ปุ่น: コナンと平次と消えた少年 โรมาจิ: Conan to Heiji to Kieta Shōnen)
• โคนัน กับคิด และคริสตัลมาเธอร์ (Conan and Kid and the Crystal Mother) (ญี่ปุ่น: コナンとキッドとクリスタル·マザー โรมาจิ: Conan to Kiddo to Kurisutaru Mazā)
• เป้าหมายคือโคโกโร่! บันทึกลึกลับของขบวนการนักสืบเยาวชน (The Target is Kogoro! The Detective Boys' Secret Investigation) (ญี่ปุ่น: 標的は毛利小五郎!!少年探偵団マル秘調査 โรมาจิ: Hyōteki wa Mōri Kogorō!! Shōnen Tanteidan Maruhi Chōsa)
• ไล่ล่าหาอัญมณี! โคนันกับเฮย์จิปะทะคิด (Follow the Vanished Diamond! Conan and Heiji vs Kid!) (ญี่ปุ่น: 消えたダイヤを追え!コナン·平次vsキッド โรมาจิ: Kieta Daiya o Oe! Konan, Heiji vs Kiddo)
• สารท้าทายจากอากาสะ! อากาสะ ปะทะ โคนันและเหล่านักสืบเยาวชน (A challenge from Agasa! Agasa vs. Conan & the Detective Boys) (ญี่ปุ่น: 阿笠からの挑戦状!阿笠vsコナン&少年探偵団 โรมาจิ: Agasa Kara no Chōsenjou! Agasa vs. Conan & Shōnen Tanteidan)
• การไขคดีของนักสืบสาว ม.ปลาย ซึสึกิ โซโนโกะ (The Casebook of Female High-School Detective Suzuki Sonoko) (ญี่ปุ่น: 女子高生探偵 鈴木園子の事件簿 โรมาจิ: Joshi Kōsein Tantei Suzuki Sonoko no Jikenbo)
• เมื่อ 10 ปี ผ่านไป (The Stranger From 10 Years Later) (ญี่ปุ่น: 10年後の異邦人 โรมาจิ: 10nen go no i Hōjin)
• คิดในเกาะแห่งกับดัก (ญี่ปุ่น: KID in TRAP ISLAND)
• ข้อมูลลับจากลอนดอน (The Secret Order from London) (ญี่ปุ่น: ロンドンからの秘指令 โรมาจิ: Rondon Kara no Maruhi Shirei)
• เรื่องมหัศจรรย์ของไม้เบสบอล (ญี่ปุ่น: えくすかりばあの奇跡 โรมาจิ: Ekusukaribaa no kiseki)

Magic File/Bonus File

เป็นตอนพิเศษที่มีการวางจำหน่ายออกมา เริ่มตั้งแต่ 11 เมษายน พ.ศ. 2550 โดยในตอนแรกเป็นการนำตอนเก่าที่เคยออกอากาศแล้วมาจัดทำใหม่ แต่ต่อมาได้มีการทำพร้อมกับฉบับภาพยนตร์ และมีเนื้อหาต่อเนื่องกัน (ตั้งแต่ ภาค บทบรรเลงแห่งความตาย เป็นต้นมา) โดยตั้งแต่ตอนที่ 2 ได้มีการวางจำหน่ายพร้อมกับดีวีดีฉบับภาพยนตร์ด้วย ปี 2012 Magic File ก็ถูกเปลี่ยนชื่อกลายเป็น Bonus File ตั้งแต่ ปี 2013 Bonus File ก็ถูกนำมาออกอากาศทางทีวีแทน

• Detective Conan Magic File (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン Magic File โรมาจิ: Meitantei Conan Magic Files) ไม่มีเนื้อหาใหม่ มีแต่คดีเก่า ๆ เท่านั้น (ตอนที่ 142 - 144,211,288 - 290,313 - 315)
• Detective Conan Magic File 2 ～ Detective Conan Magic File 2008 ～ Shinichi Kudo — The Case of the Mysterious Wall and the Black Lab ～ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナンMagic File 2 ～名探偵コナンMagic File 2008 ～工藤新一 謎の壁と黒ラブ事件～ โรมาจิ: Meitantei Conan Magic Files 2 ～Kudō Shinichi Nazo no Kabe to Kuro Rabu Jiken～) ตรงกับ The Movie 12
• Detective Conan Magic File 3 ～ Detective Conan Magic File 2009 ～ Shinichi and Ran — The Memories from Mahjong pieces and Tanabata ～ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナンMagic File 3 ～名探偵コナンMagic File 2009 ～新一と蘭・麻雀牌と七夕の思い出～ โรมาจิ: Meitantei Conan Magic Files 3 ～Shinichi to Ran・Maajan Pai to Tanabata no Omoide～)
• Detective Conan Magic File 4 ～ Detective Conan Magic File 2010 ～ Osaka Okonomiyaki Odyssey ～ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナンMagic File 4 ～名探偵コナンMagic File 2010 ～大阪お好み焼きオデッセイ～ โรมาจิ: Meitantei Conan Magic File 4 ～Osaka Okonomiyaki Odessei～)
• Detecctive Conan Magic File 5 ～ Detective Conan Magic File 2011 ～ The Niigata-Tokyo Souvenir Capriccio ～ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン Magic File 5 ～名探偵コナンMagic File 2011 ～新潟～東京 おみやげ狂騒曲～ โรมาจิ: Meitantei Conan Magic File 5 ～Niigata ~ Tōkyō Omiyage Kapurichio～)
• Detecctive Conan Bonus File 6 ～ Detective Conan Bonus File 2012 ～ Flower of Fantasista ～ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン Bonus File 6 ～名探偵コナンMagic File 2012 ～ファンタジスタの花～ โรมาจิ: Meitantei Conan Bonus File 6 ～Fantasista no Hana～)
• Detecctive Conan Bonus File 7 ～ Detective Conan Bonus File 2013 ～ The Missing Japanese Sweet in the Old Shop～ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン Bonus File 7 ～消えた老舗の和菓子～ โรมาจิ: Meitantei Conan Bonus File 7 ～名探偵コナンMagic File 2013 ～Kieta Shinise no Wagashi～) ตรงกับตอนที่ 746 ขนมญี่ปุ่นของร้านเก่าแก่ที่หายไป
• Detecctive Conan Bonus File 8 ～ Detective Conan Bonus File 2014 ～ The Coded Invitation ～ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン Bonus File 8 ～名探偵コナンMagic File 2014 ～暗号付きの招待状～ โรมาจิ: Meitantei Conan Bonus File 2014 ～Angō-tsuki no shōtaijō～) ตรงกับตอนที่ 788 บัตรเชิญแนบรหัสลับ
• Detecctive Conan Bonus File 9 ～ Detective Conan Bonus File 2015 ～ The Missing Scream Of Munch ～ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン Bonus File 9 ～名探偵コナンMagic File 2015 ～消えたムンクの叫び～ โรมาจิ: Meitantei Conan Bonus File 2015 ～Kieta munkunosakebi～) ตรงกับตอนที่ 827 เดอะสครีมของมุงค์ที่หายไป
• Detecctive Conan Bonus File 10 ～ Detective Conan Bonus File 2016 ～ The Shadow Sneaking Up on Amuro ～ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン Bonus File 10 ～名探偵コナンMagic File 2016 ～安室に忍び寄る影 โรมาจิ: Meitantei Conan Bonus File 2016 ～Amuro ni Shinobiyoru Kage～) ตรงกับตอนที่ 868 เงาที่ย่องเข้าใกล้อามุโร่
• Detective Conan Bonus File 11 ～ Detective Conan Bonus File 2017 ～ The Mystery of the Vanished Black Belt ～ (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン Bonus File 11 ～名探偵コナンMagic File 2017 ～ 消えた黒帯の謎 โรมาจิ: Meitantei Conan Bonus File 2017～Kieta Kurōbi no Nazo～) ตรงกับตอนที่ 910 ปริศนาเข็มขัดสายดำที่หายไป

อื่น ๆ

ปี 1999 มีการออกอากาศตอนพิเศษที่มีชื่อว่า โลกมหัศจรรย์ของ อาโอยาม่า โกโช ทั้งหมด 7 ตอน ตอนพิเศษนี้เป็นเรื่องราวของ คุโด้ ยูซากุ และ ยูกิโกะ ตอนหนุ่ม ๆ สาว ๆ และเรื่องราวของหนังที่ทั้ง 2 ไปดูกัน

นอกเหนือจากนั้นยังมีตอนพิเศษซึ่งเป็นเพียงตอนเดียว คือ Detective Conan Special: Secret of the Birth of Kaitō Kid (ญี่ปุ่น: 名探偵コナンスペシャル 「怪盗キッド誕生の秘密」 โรมาจิ: Meitantei Conan Supesharu 「Kaitō Kiddo Tanjou no Himitsu」) โดยเล่าถึงความเป็นมาของจอมโจรคิด แต่หลังจากนั้นหนึ่งปีก็มีการออกอากาศตอนพิเศษที่เกี่ยวกับเรื่องของจอมโจรคิดโดยเฉพาะเพิ่มขึ้นในชื่อ Magic Kaito ปัจจุบันนั้นออกอากาศมาแล้ว 12 ตอน ในปี 2014 มีประกาศว่าจะทำ Anime ซีรีส์ ที่เกี่ยวกับจอมโจรคิดโดยเฉพาะ โดย A-1 Pictures ที่จะออกอากาศ 04.10.2557

นอกจากนี้ยังมีตอนพิเศษ 15 นาที 3D IMAX มีทั้งสิ้น 2 ตอน ได้แก่ Detective Conan : Conan vs Kid - Shark & Jewel (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン コナンｖｓキッド SHARK & JEWEL โรมาจิ: Meitantei Conan - Conan vs Kid SHARK and JEWEL) และ Detective Conan : Conan vs Kid - The Raven Sniper (ญี่ปุ่น: 名探偵コナン コナンｖｓキッド 漆黒の狙撃者（スナイパー） โรมาจิ: Meitantei Conan - Conan vs Kid Shikkoku no SNIPER) ซึ่งทั้ง 2 ตอนฉายที่โรง 3D IMAX ที่ประเทศญี่ปุ่น

ปี 2009 ได้มีการออกอากาศตอนพิเศษหรือทีวีสเปเชียลที่มีชื่อว่า ลูแปงที่ 3 ปะทะ ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน (ญี่ปุ่น: ルパン三世 vs 名探偵コナン โรมาจิ: Lupin Sansei vs Meitantei Conan) เป็นผลงานอนิเมะข้ามฝั่งระหว่างการ์ตูนชุด ลูแปงที่ 3 (ผลงานต้นฉบับโดย Monkey Punch) กับยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ออกอากาศในประเทศญี่ปุ่น เมื่อวันที่ 27 มีนาคม พ.ศ. 2552 ได้รับการจัดให้อยู่ในอันดับพิเศษครั้งแรกในญี่ปุ่นทางรายการ เจแปนนีส-อนิเมะ ทีวีแรงกิง ช่วงวันที่ 23-29 มีนาคม[10] มียอดจำหน่ายดีวีดีกว่า 7,000 ชุดในสัปดาห์แรก[11] พร้อมทั้งแผ่นบลูเรย์จัดเป็นอนิเมะที่ขายดีที่สุดอันดับสาม ระหว่าง 27 กรกฎาคม ถึง 2 สิงหาคม ค.ศ. 2009 และยังคงอยู่ในอันดับท็อปทเวนตี้ ณ วันที่ 29 พฤศจิกายน[12][13]

กลางปี 2011 นั้นมีตอนพิเศษ 2 ตอน (ตอนละ 7 นาที) ที่มีชื่อว่า Detective Conan vs. Wooo เป็น 2 ตอนที่โฆษณาทีวี Wooo

วันที่ 23.04.2557 ในที่สุดไฟล์ที่ไม่เคยถูกทำเป็นแอนิเมชั่นใน เล่ม 57 (เล่ม 57 ไฟล์ 8 (594) ผู้หลบหนี) ก็ถูกทำเป็นแอนิเมชั่นเนื้องจาก เดอะมูฟวี่ 18 เข้าโรง และออกอากาศเป็นตอนพิเศษที่ไม่ถูกนับเลขเป็น Anime ที่ออกอากาศทางทีวีวันที่ 03.01.2558 นอกจากนั้นยีงเพิ่มฉากของเล่นวันปีใหม่ของญี่ปุ่นเข้าไปด้วย

เนื่องจากครบรอบ 20 ปีหนังสือ ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน นั้นเอง ก็เลยจะมี Anime ตอนพิเศษที่มีชื่อว่า คดีปริศนากับโคนันที่หายไป (ญี่ปุ่น: 江戸川コナン失踪事件 ～史上最悪の二日間～ โรมาจิ: Edogawa konan shissō jiken ~ shijō saiaku no futsukakan ~) ; (อังกฤษ: The Disappearance of Conan Edogawa: The Worst Two Days in History) ที่จะออกอากาศวันที่ 26.12.2557

สิ้นปี 2559 จะมีการรีเมคตอนของภาคแรกเนื้องในโอกาสครบรอบ 20 ของการ์ตูนซึ่งมีชื่อตอนว่า EPISODE "ONE" กำเนิดยอดนักสืบจิ๋ว (ญี่ปุ่น: エピソードONE　小さくなった名探偵 โรมาจิ: Episōdo wan chīsaku natta na tantei) โดยจะมีเนื้อใหม่ที่ไม่เคยมีมาก่อน เช่น ในช่วงของเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นตอนนั้น ตัวละครที่ยังไม่เคยปรากฏตัวเขาทำอะไรกันบ้าง หรืออาจจะเพิ่มฉากจากมังงะที่ถูกตัดออกไปนั่นเอง