ตลอดสมัยแห่งสาธารณรัฐ ธงประจำตำแหน่งสำหรับประธานาธิบดี มีลักษณะอย่างเดียวกับธงชาติ แต่มีการเพิ่มรูปตราแผ่นดินรูปเหยี่ยวหรือนกอินทรีลงบนมุมซ้ายบนของธงอยู่เสมอ[1] ทั้งนี้ แม่ในรัฐธรรมนูญแห่งสาธารณรัฐอาหรับอียิปต์ มาตรา 150 จะบัญญัติว่าประธานาธิบดีมีฐานะเป็นผู้บัญชาการทหารสูงสุดแห่งกองทัพอียิปต์โดยตำแหน่ง แต่ธงสำหรับตำแหน่งดังกล่าวได้มีการออกแบบให้ผิดจากธงของตำแหน่งประธานาธิบดี กล่าวคือ เป็นธงแบบเดียวกับธงชาติ แต่มีรูปนกอินทรีแห่งศอลาฮุดดีนจับอยู่เหนือดาบคู่ไขว้ นอกจากนั้นผู้บัญชาการทหารสูงสุดแห่งกองทัพอียิปต์ยังมีธงสำหรับกองทัพบก กองทัพเรือ และกองทัพอากาศเป็นการเฉพาะอีกต่างหาก ในเอกสารทางการทหารของอียิปต์กล่าวว่าการแสดงธงผู้บัญชาการทหารสูงสุดจะกระทำได้ก็ต่อเมื่อประธานาธิบดีเดินทางไปเยือนหน่วยทหาร โดยการประดับธงนั้นจะต้องให้ธงชาติอยู่ตรงกลาง ธงประธานาธิบดีอยู่ทางด้านขวาของธงชาติ และธงผู้บัญชาการทหารสูงสุดอยู่ทางด้านซ้ายของธงชาติ[4]