ญี่ปุ่นมีเกาะเล็กๆกว่า 6,000+ เกาะ และ 430+ เกาะมีประชากรอาศัยอยู่[4]

ฮกไกโด

• เกาะคะโมะเมะ
• เกาะโคะ (โอชิมะ)
• โอชิมะ
• เกาะโอะคุชิริ
• เกาะเทะอุริ
• เกาะเรบุน
• เกาะริชิริ[5]
• เกาะยะงิชิริ

หมู่เกาะของเกาะฮนชูที่อยู่ใน ทะเลญี่ปุ่น

• โอะกิ[6]
• ซะโดะ[7]
• เกาะโทะโดะ
• มิตสึเคะจิมะ

เกาะในอ่าวโตเกียว (เกาะเทียม)

• เกาะดรีม (ยุเมะ โนะ ชิมะ)
• โอะไดบะ
• ซะรุชิมะ (เกาะธรรมชาติ)
• เกาะโจะนัน
• เกาะเฮย์วะ
• เกาะโชะวะ
• เกาะเคย์ฮิน
• ท่าอากาศยานนานาชาติโตเกียว
• คัตสึชิมะ
• ฮัคเคย์จิมะ
• ฮิงะชิ โอะงิจิมะ
• วะคะสุ (若洲)
• โองิชิมะ

เกาะในอ่าวโอซะกะ (เกาะเทียม)

• มะอิชิมะ
• ยุเมะชิมะ
• สะกิชิมะ
• ท่าอากาศยานนานาชาติคันไซ
• ท่าอากาศยานโกเบ
• พอร์ตไอส์แลนด์
• เกาะรกโกะ
• มินะมิ อะชิยะฮะมะ
• วะคะยะมะ มารีนา ซิตี้
• นิชิโนะมิยะฮะมะ

เกาะในอ่าวอิเซะ

• ท่าอากาศยานนานาชาติชูบุเซ็นแทรร์ (เกาะเทียม)
• คะมิชิมะ
• เกาะคะชิโกะ
• เกาะโคะซุคุมิ
• เกาะมิกิโมะโตะแพร์ล
• โอะซุคุมิจิมะ

เกาะในมหาสมุทรแปซิฟิก (หรือหมู่เกาะนัมโป)

• หมู่เกาะอิซุ[8]
  • อะโอะงะชิมะ[9]
  • ฮะจิโจจิมะ[10]
  • อิซุโอชิมะ[11]
  • โคซุ[8]
  • มิยะเกะ[8]
  • มิคุระจิมะ[8]
  • นีจิมะ[8]
  • ชิกิเนะ[8]
  • โทะชิมะ[8]
  • โทะริ ชิมะ[12]
  • อุโดะเนะจิมะ[8]
• หมู่เกาะโอะงะซะวะระ[13]
  • จิจิ[13]
  • ฮะฮะ[13]
  • อิโวะ[13]
  • มินะมิโทะริชิมะ (เกาะมาร์คูส)
  • โอะกิโนะโทะริชิมะ (พาเรเซ่ เวล่า)
• หมู่เกาะภูเขาไฟ[13]
  • เกาะอิโวจิมา[13]
• เอะโนะชิมะ

เกาะรอบๆคีวชู

ส่วนใหญ่จะเป็นเกาะที่ตั้งอยู่ทะเลจีนใต้

• อะมะคุสะ
• อะโอะชิมะ
• หมู่เกาะโงะโท[7]
• ฮะชิมะ
• ฮิระโดะ[6]
• อิกิ
• โคะชิกิ
• ทิสึชิมะ[7]

หมู่เกาะรีวกีว (นันเซย์-โชะโท)

หมู่เกาะสัตสึนัน

ครึ่งหนึงทางเหนือของเกาะเป็นเขตปกครองของจังหวัดคะโงะชิมะและคีวชู

หมู่เกาะโอซุมิ

กลุ่มทางตะวันออกเฉียงเหนือ:

• ทะเนะงะชิมะ[7]
• ยะคุชิมะ
• คุจิโนะเอะระบุจิมะ
• มะเงะชิมะ

กลุ่มทางตะวันตกเฉียงเหนือ:

• ทะเคะชิมะ
• อิโอจิมะ
• โชวะ อิโอจิมะ
• คุโระชิมะ

หมู่เกาะโทะคะระ

ชิจิ-โท:

• คุจิโนะชิมะ
• นะกะโนะชิมะ (คะโงะชิมะ)
• งะจะจิมะ
• สุวะโนะเซะจิมะ
• อะคุเซะกิจิมะ
• ทะอิระจิมะ
• โคะดะคะระจิมะ
• ทะคะระจิมะ

หมู่เกาะอะมะมิ

• อะมะมิ โอชิมะ
• คิกะอิจิมะ
• คะเคะโระมะชิมะ
• โยะโระชิมะ
• อุเคะชิมะ
• โทะคุโนะชิมะ
• โอะกิโนะเอะระบุจิมะ
• โยะรนจิมะ

หมู่เกาะรีวกีว (รีวกีว-โชะโท)

ครึ่งทางใต้ของโอะกินะวะ

หมู่เกาะโอะกินะวะ

ศูนย์กลางของกลุ่ม:

• เกาะโอกินะวะ[6]
• คุเมะจิมะ
• อิเฮะยะจิมะ
• อิเซะนะจิมะa
• อะงุนิจิมะ
• อิเอะจิมะ
• อิโวะ โทะริ ชิมะ (อิโอโทะริชิมะ)
• หมู่เกาะเคะระมะ
  • โทะคะชิกิจิมะ
  • ซะมะมิจิมะ
  • อะคะจิมะ
  • เงะรุมะจิมะ
• หมู่เกาะไดโท
  • คิตะไดโท
  • มินะมิไดโท
  • โอกิไดโท

หมู่เกาะซะกิชิมะ

รู้จักกันในนามว่าเกาะที่ห่างไกล:

• หมู่เกาะมิยะโกะ
  • มิยะโกะจิมะ
  • อิเคะมะ
  • โอะงะมิ
  • อิระบุ
  • ชิโมะจิ
  • คุริมะ
  • มินนะ
  • ทะระมะ
• หมู่เกาะยะเอะยะมะ
  • อิริโอะโมะเทะ
  • อิชิงะกิ
  • ทะเคะโทะมิ
  • โคะฮะมะ
  • คุโระชิมะ
  • อะระงุสุกุ
  • ฮะโทะมะ
  • ยุบุจิมะ
  • ฮะเทะรุมะ
  • โยะนะงุนิ
• หมู่เกาะเซ็งกะกุ (พิพาทกับจีน)
  • อุโอทสึริจิมะ
  • คุบะจิมะ
  • ไทโชะจิมะ
  • คิตะโคะจิมะ
  • มินะมิโคะจิมะ

เกาะในทะเลใน

• หมู่เกาะคะซะโอะกะ
  • ทะคะชิมะ (โอะกะยะมะ) 高島 (岡山県笠岡市)
  • ชิระอิชิ
  • คิตะงิ, 北木島
  • โอบิชิ, 大飛島
  • โคะบิ, 小飛島
  • มะนะเบะ, 真鍋島
  • มุชิมะ (โอะกะยะมะ), 六島 (岡山県)
• หมู่เกาะชิวะกุ
• อะวะจิ[7]
• เอะตะจิมะ
• อิตสึคุชิมะ (ประชาชนส่วนใหญ่รู้จักในนาม "มิยะจิมะ")
• โชโดะชิมะ
• ซุโอ-โอชิม (ยะมะงุจิ)

เกาะในทะเลสาบ

• เกาะไดคง
• เบนเทนจิมะในทะเลสาบโทะยะ
• เบนเทนจิมะในทะเลสาบฮะมะนะ

เกาะเทียมอื่นๆ

• ท่าอากาศยานนานาชาติชูบุเซ็นแทรร์
• เดจิมะ[6]
• ท่าอากาศยานคิตะกีวชู
• มิโดะริโนะชิมะ
• มาลิมเปีย โอะกิโนะสุ ja:マリンピア沖洲
• วะคะเอะจิมะ ja:和賀江島
• เกาะเมือง, ฟุกุโอะกะ ja:アイランドシティ

อ้างสิทธิ์แต่ไม่ได้ครอบครอง

ดินแดนทางตอนเหนือ

มีสี่เกาะที่เป็นข้อพิพาท คือ หมู่เกาะคูรีล ชื่ออื่นคือ หมู่เกาะจิชิมะ[14] ดูเพิ่มเติมที่ข้อพิพาทหมู่เกาะคูรีล.

• เอทูรัป
• หมู่เกาะฮาโบมัย
• คูนาชีร์
• ชิโกทัน

อื่นๆ

• เลียนคอร์ท ร็อกส์ (ดกโด/ทะเคะชิมะ) - ครอบครองโดยเกาหลีใต้