ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดกาญจนบุรีตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดกาญจนบุรีอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 8[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 4 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสาธิตของมหาวิทยาลัย ซึ่งอยู่ในสังกัดของมหาวิทยาลัยนั้น ๆ
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

จังหวัดกาญจนบุรีมีโรงเรียนสังกัด สพฐ. จำนวน 446 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นมัธยมศึกษาสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 8 (สพม.8) จำนวน 29 โรงเรียน โรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากาญจนบุรีทั้ง 4 เขตรวม 413 โรงเรียน[3] และโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 4 โรงเรียน[4][5][6]

เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาของจังหวัดกาญจนบุรีแบ่งดังนี้[2]

• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากาญจนบุรี เขต 1 (สพป.กาญจนบุรี เขต 1) ประกอบด้วยอำเภอเมืองกาญจนบุรี อำเภอด่านมะขามเตี้ย อำเภอท่าม่วง และอำเภอศรีสวัสดิ์
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากาญจนบุรี เขต 2 (สพป.กาญจนบุรี เขต 2) ประกอบด้วยอำเภอท่ามะกา อำเภอพนมทวน และอำเภอห้วยกระเจา
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากาญจนบุรี เขต 3 (สพป.กาญจนบุรี เขต 3) ประกอบด้วยอำเภอทองผาภูมิ อำเภอไทรโยค และอำเภอสังขละบุรี
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากาญจนบุรี เขต 4 (สพป.กาญจนบุรี เขต 4) ประกอบด้วยอำเภอบ่อพลอย อำเภอเลาขวัญ และอำเภอหนองปรือ

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 8

จังหวัดกาญจนบุรีอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 8 ร่วมกับจังหวัดราชบุรี[1] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 29 โรงเรียน โดยแบ่งเป็น 5 สหวิทยาเขต[7] ได้แก่

• สหวิทยาเขตเมืองสิงห์ รับผิดชอบโรงเรียนในเขตอำเภอเมืองกาญจนบุรี อำเภอด่านมะขามเตี้ย อำเภอพนมทวน และอำเภอศรีสวัสดิ์ รวมทั้งโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 45 ในสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษด้วย
• สหวิทยาเขตแควน้อย รับผิดชอบโรงเรียนในเขตอำเภอทองผาภูมิ อำเภอไทรโยค และอำเภอสังขละบุรี รวมทั้งโรงเรียนสมเด็จพระปิยมหาราชรมณียเขตในสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษด้วย
• สหวิทยาเขตท่ามะกา รับผิดชอบโรงเรียนในเขตอำเภอท่ามะกา
• สหวิทยาเขตท่าม่วง รับผิดชอบโรงเรียนในเขตอำเภอท่าม่วง
• สหวิทยาเขตพลอยไพลิน รับผิดชอบโรงเรียนในเขตอำเภอบ่อพลอย อำเภอเลาขวัญ อำเภอหนองปรือ และอำเภอห้วยกระเจา

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากาญจนบุรีเขต 1

สพป.กาญจนบุรี เขต 1 มีพื้นที่ครอบคลุม 4 อำเภอทางตอนกลางของจังหวัด ได้แก่อำเภอเมืองกาญจนบุรี อำเภอด่านมะขามเตี้ย อำเภอท่าม่วง และอำเภอศรีสวัสดิ์ มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 139 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอเมืองกาญจนบุรี 52 โรงเรียน อำเภอท่าม่วง 42 โรงเรียน อำเภอด่านมะขามเตี้ย 26 โรงเรียน และอำเภอศรีสวัสดิ์ 19 โรงเรียน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากาญจนบุรีเขต 2

สพป.กาญจนบุรี เขต 2 มีพื้นที่ครอบคลุม 3 อำเภอทางตะวันออกเฉียงใต้ของจังหวัด ได้แก่อำเภอท่ามะกา อำเภอพนมทวน และอำเภอห้วยกระเจา มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 101 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอท่ามะกา 49 โรงเรียน อำเภอพนมทวน 28 โรงเรียน และอำเภอห้วยกระเจา 24 โรงเรียน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากาญจนบุรีเขต 3

สพป.กาญจนบุรี เขต 3 มีพื้นที่ครอบคลุม 3 อำเภอทางตะวันตกของจังหวัด ได้แก่อำเภอทองผาภูมิ อำเภอไทรโยค และอำเภอสังขละบุรี มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 81 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอไทรโยค 40 โรงเรียน อำเภอทองผาภูมิ 30 โรงเรียน และอำเภอสังขละบุรี 11 โรงเรียน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษากาญจนบุรีเขต 4

สพป.กาญจนบุรี เขต 4 มีพื้นที่ครอบคลุม 3 อำเภอทางตะวันออกของจังหวัด ได้แก่อำเภอบ่อพลอย อำเภอเลาขวัญ และอำเภอหนองปรือ มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 92 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอเลาขวัญ 42 โรงเรียน อำเภอบ่อพลอย 32 โรงเรียน และอำเภอหนองปรือ 18 โรงเรียน

สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ

จังหวัดกาญจนบุรีมีโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 4 โรงเรียน ดังนี้[4][5]

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดกาญจนบุรีมีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 11 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่องค์การบริหารส่วนจังหวัดกาญจนบุรี (2 โรงเรียน) เทศบาลเมือง 2 แห่งได้แก่เทศบาลเมืองกาญจนบุรี (5 โรงเรียน) และเทศบาลเมืองท่าเรือพระแท่น (1 โรงเรียน) เทศบาลตำบล 2 แห่ง และองค์การบริหารส่วนตำบล 1 แห่ง[8]

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน

โรงเรียนเอกชนในจังหวัดกาญจนบุรีซึ่งสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชนมีจำนวน 24 โรงเรียน[9]

โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยในกำกับสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา

จังหวัดกาญจนบุรีมีโรงเรียนสาธิต 1 โรงเรียนได้แก่โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยราชภัฏกาญจนบุรี สังกัดมหาวิทยาลัยราชภัฏกาญจนบุรี ตั้งอยู่ที่ตำบลหนองบัว อำเภอเมืองกาญจนบุรี จังหวัดกาญจนบุรี เปิดสอนในระดับมัธยมศึกษา[10]

กองบัญชาการตำรวจตระเวนชายแดน สำนักงานตำรวจแห่งชาติ

จังหวัดกาญจนบุรีมีโรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดนและศูนย์การเรียนตำรวจตระเวนชายแดนในสังกัดกองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 13 กองบัญชาการตำรวจตระเวนชายแดน จำนวน 14 แห่ง ได้แก่[6][11]

กองพุทธศาสนศึกษา สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ

จังหวัดกาญจนบุรีมีโรงเรียนพระปริยัติธรรมจำนวน 3 โรงเรียน ได้แก่[6][12]