ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดฉะเชิงเทราตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดฉะเชิงเทราอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 6[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 2 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสาธิตของมหาวิทยาลัย ซึ่งอยู่ในสังกัดของมหาวิทยาลัยนั้น ๆ
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

จังหวัดฉะเชิงเทรามีโรงเรียนสังกัด สพฐ. จำนวน 317 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 6 (สพม.6) จำนวน 29 โรงเรียน โรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาฉะเชิงเทราทั้ง 2 เขตรวม 287 โรงเรียน[3] และโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 1 โรงเรียน[4]

เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาของจังหวัดฉะเชิงเทราแบ่งดังนี้[2]

• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาฉะเชิงเทรา เขต 1 (สพป.ฉะเชิงเทรา เขต 1) ประกอบด้วยอำเภอเมืองฉะเชิงเทรา อำเภอบางน้ำเปรี้ยว อำเภอบางปะกง และอำเภอบ้านโพธิ์
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาฉะเชิงเทรา เขต 2 (สพป.ฉะเชิงเทรา เขต 2) ประกอบด้วยอำเภอคลองเขื่อน อำเภอท่าตะเกียบ อำเภอบางคล้า อำเภอแปลงยาว อำเภอพนมสารคาม อำเภอราชสาส์น และอำเภอสนามชัยเขต

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 6

จังหวัดฉะเชิงเทราอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 6 ร่วมกับจังหวัดสมุทรปราการ[1] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 29 โรงเรียน โดยแบ่งเป็น 4 สหวิทยาเขตได้แก่[5]

• สหวิทยาเขตเบญจมราชรังสฤษฎิ์ รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอเมืองฉะเชิงเทรา (โรงเรียนเบญจมราชรังสฤษฎิ์และโรงเรียนสาขา) อำเภอบางคล้า และอำเภอบางปะกง
• สหวิทยาเขตดัดดรุณี รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอเมืองฉะเชิงเทรา (โรงเรียนดัดดรุณีและโรงเรียนเตรียมอุดมศึกษาเปร็งวิสุทธาธิบดี) อำเภอบางน้ำเปรี้ยว (3 โรงเรียน) อำเภอบ้านโพธิ์ (เฉพาะโรงเรียนผาณิตวิทยา) และอำเภอแปลงยาว (เฉพาะโรงเรียนแปลงยาวพิทยาคม)
• สหวิทยาเขตพนมสารคาม รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอท่าตะเกียบ อำเภอแปลงยาว (ยกเว้นโรงเรียนแปลงยาวพิทยาคม) อำเภอพนมสารคาม อำเภอราชสาส์น และอำเภอสนามชัยเขต
• สหวิทยาเขตแก้วโกวิท รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอเมืองฉะเชิงเทรา (โรงเรียนเตรียมอุดมศึกษาพัฒนาการ ฉะเชิงเทราและโรงเรียนวัดโสธรวรารามวรวิหาร) อำเภอคลองเขื่อน อำเภอบางน้ำเปรี้ยว (2 โรงเรียน) และอำเภอบ้านโพธิ์ (ยกเว้นโรงเรียนผาณิตวิทยา)

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาฉะเชิงเทราเขต 1

สพป.ฉะเชิงเทรา เขต 1 มีพื้นที่ครอบคลุม 4 อำเภอทางตะวันตกของจังหวัด ได้แก่อำเภอเมืองฉะเชิงเทรา อำเภอบางน้ำเปรี้ยว อำเภอบางปะกง และอำเภอบ้านโพธิ์ มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 138 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอบางน้ำเปรี้ยว 49 โรงเรียน อำเภอเมืองฉะเชิงเทรา 37 โรงเรียน อำเภอบางปะกง 27 โรงเรียน และอำเภอบ้านโพธิ์ 25 โรงเรียน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาฉะเชิงเทราเขต 2

สพป.ฉะเชิงเทรา เขต 2 มีพื้นที่ครอบคลุม 7 อำเภอทางตะวันออกของจังหวัด ได้แก่อำเภอคลองเขื่อน อำเภอท่าตะเกียบ อำเภอบางคล้า อำเภอแปลงยาว อำเภอพนมสารคาม อำเภอราชสาส์น และอำเภอสนามชัยเขต มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 149 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอพนมสารคาม 41 โรงเรียน อำเภอสนามชัยเขต 35 โรงเรียน อำเภอท่าตะเกียบ 20 โรงเรียน อำเภอแปลงยาว 19 โรงเรียน อำเภอบางคล้า 18 โรงเรียน อำเภอคลองเขื่อน 8 โรงเรียน และอำเภอราชสาส์น 8 โรงเรียน

สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ

จังหวัดฉะเชิงเทรามีโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 1 โรงเรียน ได้แก่โรงเรียนฉะเชิงเทราปัญญานุกูล ตั้งอยู่ที่ตำบลลาดขวาง อำเภอบ้านโพธิ์[4]

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดฉะเชิงเทรามีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 13 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่องค์การบริหารส่วนจังหวัดฉะเชิงเทรา (2 โรงเรียน) เทศบาลเมืองฉะเชิงเทรา (2 โรงเรียน) เทศบาลตำบล 5 แห่ง และองค์การบริหารส่วนตำบล 3 แห่ง[6]

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน

โรงเรียนเอกชนในจังหวัดฉะเชิงเทราซึ่งสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชนมีจำนวน 28 โรงเรียน[7]

โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยในกำกับสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา

จังหวัดฉะเชิงเทรามีโรงเรียนสาธิต 1 โรงเรียนได้แก่โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยราชภัฏราชนครินทร์ สังกัดคณะครุศาสตร์ มหาวิทยาลัยราชภัฏราชนครินทร์ ตั้งอยู่ที่ตำบลหน้าเมือง อำเภอเมืองฉะเชิงเทรา เปิดสอนในระดับเตรียมอนุบาล (บริบาล) ถึงประถมศึกษา[8]