ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดนครปฐมตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดนครปฐมอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 9[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 2 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสาธิตของมหาวิทยาลัย ซึ่งอยู่ในสังกัดของมหาวิทยาลัยนั้น ๆ
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

จังหวัดนครปฐมมีโรงเรียนสังกัด สพฐ. จำนวน 273 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 9 (สพม.9) จำนวน 29 โรงเรียน โรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐมทั้ง 2 เขตจำนวน 242 โรงเรียน[3] และโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 2 โรงเรียน[4][5]

เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาของจังหวัดนครปฐมแบ่งดังนี้[2]

• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 1 (สพป.นครปฐม เขต 1) ประกอบด้วยอำเภอเมืองนครปฐม อำเภอกำแพงแสน และอำเภอดอนตูม
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 2 (สพป.นครปฐม เขต 2) ประกอบด้วยอำเภอนครชัยศรี อำเภอบางเลน อำเภอพุทธมณฑล และอำเภอสามพราน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 9

จังหวัดนครปฐมอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 9 ร่วมกับจังหวัดสุพรรณบุรี[1] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 29 โรงเรียน โดยแบ่งเป็น 4 สหวิทยาเขตได้แก่[6]

• สหวิทยาเขตพิมานปฐม รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอเมืองนครปฐม (ยกเว้นโรงเรียนราชินีบูรณะและโรงเรียนสิรินธรราชวิทยาลัย) และอำเภอนครชัยศรี (เฉพาะโรงเรียนแหลมบัววิทยา)
• สหวิทยาเขตอภิรมย์ฤดี รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอเมืองนครปฐม (เฉพาะโรงเรียนสิรินธรราชวิทยาลัย) อำเภอกำแพงแสน อำเภอดอนตูม และอำเภอนครชัยศรี (เฉพาะโรงเรียนพลอยจาตุรจินดา)
• สหวิทยาเขตวัชรีรมยา รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอเมืองนครปฐม (เฉพาะโรงเรียนราชินีบูรณะ) อำเภอนครชัยศรี (ยกเว้นโรงเรียนพลอยจาตุรจินดาและโรงเรียนแหลมบัววิทยา) และอำเภอสามพราน (ยกเว้นโรงเรียน ภ.ป.ร. ราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์)
• สหวิทยาเขตสามัคคีมุขมาตย์ รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอบางเลน อำเภอพุทธมณฑล และอำเภอสามพราน (เฉพาะโรงเรียน ภ.ป.ร. ราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์)

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐมเขต 1

สพป.นครปฐม เขต 1 มีพื้นที่ครอบคลุม 3 อำเภอทางตะวันตกของจังหวัด ได้แก่อำเภอเมืองนครปฐม อำเภอกำแพงแสน และอำเภอดอนตูม มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 122 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอกำแพงแสน 51 โรงเรียน อำเภอเมืองนครปฐม 49 โรงเรียน และอำเภอดอนตูม 22 โรงเรียน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐมเขต 2

สพป.นครปฐม เขต 2 มีพื้นที่ครอบคลุม 4 อำเภอทางตะวันออกของจังหวัด ได้แก่อำเภอนครชัยศรี อำเภอบางเลน อำเภอพุทธมณฑล และอำเภอสามพราน มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 120 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอบางเลน 46 โรงเรียน อำเภอนครชัยศรี 33 โรงเรียน อำเภอสามพราน 33 โรงเรียน และอำเภอพุทธมณฑล 8 โรงเรียน

สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ

จังหวัดนครปฐมมีโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 2 โรงเรียน ได้แก่[4][5]

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดนครปฐมมีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 20 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่เทศบาลนครนครปฐม (11 โรงเรียน) เทศบาลเมืองสามพราน (1 โรงเรียน) เทศบาลตำบล 5 แห่ง และองค์การบริหารส่วนตำบล 2 แห่ง[7]

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน

โรงเรียนเอกชนในจังหวัดนครปฐมซึ่งสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชนมีจำนวน 45 โรงเรียน[8]

โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยในกำกับสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา

จังหวัดนครปฐมมีโรงเรียนสาธิต 5 โรงเรียนได้แก่[9][10][11][12][13]

องค์การมหาชนสังกัดกระทรวงศึกษาธิการ

โรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์มีสถานะเป็นองค์การมหาชนในกำกับของกระทรวงศึกษาธิการ จัดการศึกษาในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย ตั้งอยู่ที่ตำบลศาลายา อำเภอพุทธมณฑล[14]