ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดปทุมธานีตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดปทุมธานีอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 4[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 2 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสาธิตของมหาวิทยาลัย ซึ่งอยู่ในสังกัดของมหาวิทยาลัยนั้น ๆ
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

จังหวัดปทุมธานีมีโรงเรียนสังกัด สพฐ. จำนวน 192 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 4 (สพม.4) จำนวน 22 โรงเรียน และโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปทุมธานีทั้ง 2 เขตจำนวน 170 โรงเรียน[3]

เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาของจังหวัดปทุมธานีแบ่งดังนี้[2]

• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปทุมธานี เขต 1 (สพป.ปทุมธานี เขต 1) ประกอบด้วยอำเภอเมืองปทุมธานี อำเภอคลองหลวง อำเภอลาดหลุมแก้ว และอำเภอสามโคก
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปทุมธานี เขต 2 (สพป.ปทุมธานี เขต 2) ประกอบด้วยอำเภอธัญบุรี อำเภอลำลูกกา และอำเภอหนองเสือ

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 4

จังหวัดปทุมธานีอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 4 ร่วมกับจังหวัดสระบุรี[1] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 22 โรงเรียน โดยแบ่งเป็น 4 สหวิทยาเขตได้แก่[4]

• สหวิทยาเขตปทุมเบญจา รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอเมืองปทุมธานี (โรงเรียนคณะราษฎร์บำรุงปทุมธานีและโรงเรียนหอวัง ปทุมธานี) อำเภอคลองหลวง (เฉพาะโรงเรียนธรรมศาสตร์คลองหลวงวิทยาคม) และอำเภอสามโคก
• สหวิทยาเขตปิยมิตร รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอธัญบุรี (โรงเรียนธัญบุรีและโรงเรียนสายปัญญารังสิต) และอำเภอลำลูกกา (ยกเว้นโรงเรียนเทพศิรินทร์คลองสิบสาม ปทุมธานี)
• สหวิทยาเขตสวนเทพรัตน์ทีปไท้เฉลิมพระเกียรติ รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอคลองหลวง (ยกเว้นโรงเรียนธรรมศาสตร์คลองหลวงวิทยาคม) อำเภอธัญบุรี (โรงเรียนธัญรัตน์) อำเภอลำลูกกา (เฉพาะโรงเรียนเทพศิรินทร์คลองสิบสาม ปทุมธานี) และอำเภอหนองเสือ
• สหวิทยาเขตสัตตบงกช รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอเมืองปทุมธานี (โรงเรียนปทุมธานี "นันทมุนีบำรุง" และโรงเรียนปทุมวิไล) และอำเภอลาดหลุมแก้ว

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปทุมธานีเขต 1

สพป.ปทุมธานี เขต 1 มีพื้นที่ครอบคลุม 4 อำเภอทางตอนกลางและตะวันตกของจังหวัด ได้แก่อำเภอเมืองปทุมธานี อำเภอคลองหลวง อำเภอลาดหลุมแก้ว และอำเภอสามโคก มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 102 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอคลองหลวง 33 โรงเรียน อำเภอเมืองปทุมธานี 25 โรงเรียน อำเภอลาดหลุมแก้ว 22 โรงเรียน และอำเภอสามโคก 22 โรงเรียน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาปทุมธานีเขต 2

สพป.ปทุมธานี เขต 2 มีพื้นที่ครอบคลุม 3 อำเภอทางตะวันออกของจังหวัด ได้แก่อำเภอธัญบุรี อำเภอลำลูกกา และอำเภอหนองเสือ มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 67 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอลำลูกกา 30 โรงเรียน อำเภอหนองเสือ 26 โรงเรียน และอำเภอธัญบุรี 11 โรงเรียน

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดปทุมธานีมีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 34 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่องค์การบริหารส่วนจังหวัดปทุมธานี (2 โรงเรียน) เทศบาลนครรังสิต (7 โรงเรียน) เทศบาลเมือง 7 แห่ง เทศบาลตำบล 4 แห่ง และองค์การบริหารส่วนตำบล 4 แห่ง[5]

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน

โรงเรียนเอกชนในจังหวัดปทุมธานีซึ่งสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชนมีจำนวน 89 โรงเรียน[6]

โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยในกำกับสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา

จังหวัดปทุมธานีมีโรงเรียนสาธิตจำนวน 4 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสาธิตของมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี 2 โรงเรียน และโรงเรียนสาธิตของมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์และมหาวิทยาลัยราชภัฏวไลยอลงกรณ์ ในพระบรมราชูปถัมภ์มหาวิทยาลัยละ 1 โรงเรียน ได้แก่[7][8][9][10]