ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดพระนครศรีอยุธยาตามอำเภอที่ตั้งของโรงเรียน โดยสีพื้นหลังของแต่ละแถวแสดงสังกัดของโรงเรียน

•   โรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 1–2 (สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน)
•   โรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 (สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน)
•   โรงเรียนสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน
•   โรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น
  
•   โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัย
  
•   โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ

อำเภอพระนครศรีอยุธยา

อำเภอพระนครศรีอยุธยามี 55 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 1 จำนวน 27 โรงเรียน สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน 12 โรงเรียน สังกัดเทศบาลนครพระนครศรีอยุธยา 8 โรงเรียน สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 4 โรงเรียน สังกัดมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา 3 โรงเรียน และสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดพระนครศรีอยุธยา 1 โรงเรียน

อำเภอท่าเรือ

อำเภอท่าเรือมี 30 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 1 จำนวน 21 โรงเรียน สังกัดเทศบาลตำบลท่าเรือ 3 โรงเรียน สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน 3 โรงเรียน สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 2 โรงเรียน และสังกัดเทศบาลตำบลท่าหลวง 1 โรงเรียน

อำเภอนครหลวง

อำเภอนครหลวงมี 19 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 1 จำนวน 16 โรงเรียน สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 2 โรงเรียน และสังกัดเทศบาลตำบลนครหลวง 1 โรงเรียน

อำเภอบางซ้าย

อำเภอบางซ้ายมี 17 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 2 จำนวน 16 โรงเรียน และสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 1 โรงเรียน

อำเภอบางไทร

อำเภอบางไทรมี 29 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 2 จำนวน 24 โรงเรียน สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน 3 โรงเรียน สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 1 โรงเรียน และสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดพระนครศรีอยุธยา 1 โรงเรียน

อำเภอบางบาล

อำเภอบางบาลมี 23 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 2 จำนวน 22 โรงเรียน และสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 1 โรงเรียน

อำเภอบางปะหัน

อำเภอบางปะหันมี 27 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 1 จำนวน 26 โรงเรียน และสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 1 โรงเรียน

อำเภอบางปะอิน

อำเภอบางปะอินมี 41 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 2 จำนวน 27 โรงเรียน สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน 7 โรงเรียน สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 3 โรงเรียน สังกัดเทศบาลตำบลคลองจิก 2 โรงเรียน สังกัดเทศบาลตำบลบ้านสร้าง 1 โรงเรียน และสังกัดเทศบาลตำบลปราสาททอง 1 โรงเรียน

อำเภอบ้านแพรก

อำเภอบ้านแพรกมี 8 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 1 จำนวน 6 โรงเรียน สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 1 โรงเรียน และสังกัดเทศบาลตำบลบ้านแพรก 1 โรงเรียน

อำเภอผักไห่

อำเภอผักไห่มี 24 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 2 จำนวน 18 โรงเรียน สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 3 โรงเรียน สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน 2 โรงเรียน และสังกัดเทศบาลเมืองผักไห่ 1 โรงเรียน

อำเภอภาชี

อำเภอภาชีมี 19 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 1 จำนวน 17 โรงเรียน สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 1 โรงเรียน และสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน 1 โรงเรียน

อำเภอมหาราช

อำเภอมหาราชมี 12 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 1 จำนวน 11 โรงเรียน และสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 1 โรงเรียน

อำเภอลาดบัวหลวง

อำเภอลาดบัวหลวงมี 26 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 2 จำนวน 25 โรงเรียน และสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 1 โรงเรียน

อำเภอวังน้อย

อำเภอวังน้อยมี 31 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 1 จำนวน 27 โรงเรียน สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 2 โรงเรียน และสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน 2 โรงเรียน

อำเภอเสนา

อำเภอเสนามี 40 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 2 จำนวน 26 โรงเรียน สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน 5 โรงเรียน สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 3 โรงเรียน สังกัดเทศบาลตำบลบางนมโค 3 โรงเรียน สังกัดเทศบาลเมืองเสนา 1 โรงเรียน สังกัดเทศบาลตำบลเจ้าเจ็ด 1 โรงเรียน และสังกัดเทศบาลตำบลสามกอ 1 โรงเรียน

อำเภออุทัย

อำเภออุทัยมี 29 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 1 จำนวน 26 โรงเรียน สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 จำนวน 2 โรงเรียน และสังกัดองค์การบริหารส่วนตำบลรางจรเข้ 1 โรงเรียน