ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดพระนครศรีอยุธยาตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดพระนครศรีอยุธยาอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 2 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสาธิตของมหาวิทยาลัย ซึ่งอยู่ในสังกัดของมหาวิทยาลัยนั้น ๆ
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

จังหวัดพระนครศรีอยุธยามีโรงเรียนสังกัด สพฐ. จำนวน 364 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 (สพม.3) จำนวน 29 โรงเรียน โรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาทั้ง 2 เขตจำนวน 335 โรงเรียน[3]

เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาของจังหวัดพระนครศรีอยุธยาแบ่งดังนี้[2]

• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยา เขต 1 (สพป.พระนครศรีอยุธยา เขต 1) ประกอบด้วยอำเภอพระนครศรีอยุธยา อำเภอท่าเรือ อำเภอนครหลวง อำเภอบางปะหัน อำเภอบ้านแพรก อำเภอภาชี อำเภอมหาราช อำเภอวังน้อย และอำเภออุทัย
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยา เขต 2 (สพป.พระนครศรีอยุธยา เขต 2) ประกอบด้วยอำเภอบางซ้าย อำเภอบางไทร อำเภอบางบาล อำเภอบางปะอิน อำเภอผักไห่ อำเภอลาดบัวหลวง และอำเภอเสนา

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3

จังหวัดพระนครศรีอยุธยาอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 3 ร่วมกับจังหวัดนนทบุรี[1] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 18 โรงเรียน โดยแบ่งเป็น 5 สหวิทยาเขตได้แก่[4]

• สหวิทยาเขตพระนครศรีอยุธยา 1 รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอพระนครศรีอยุธยา (โรงเรียนปากกรานพิทยาและโรงเรียนอยุธยาวิทยาลัย) อำเภอบางบาล อำเภอบางปะหัน และอำเภอมหาราช
• สหวิทยาเขตพระนครศรีอยุธยา 2 รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอพระนครศรีอยุธยา (โรงเรียนจอมสุรางค์อุปถัมภ์และโรงเรียนอยุธยานุสรณ์) อำเภอวังน้อย (โรงเรียนวังน้อย "พนมยงค์วิทยา") และอำเภออุทัย
• สหวิทยาเขตพระนครศรีอยุธยา 3 รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอบางไทร อำเภอบางปะอิน อำเภอลาดบัวหลวง และอำเภอวังน้อย (โรงเรียนวิเชียรกลิ่นสุคนธ์อุปถัมภ์)
• สหวิทยาเขตพระนครศรีอยุธยา 4 รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอท่าเรือ อำเภอนครหลวง อำเภอบ้านแพรก และอำเภอภาชี
• สหวิทยาเขตพระนครศรีอยุธยา 5 รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอบางซ้าย อำเภอผักไห่ และอำเภอเสนา

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 1

สพป.พระนครศรีอยุธยา เขต 1 มีพื้นที่ครอบคลุม 9 อำเภอทางตะวันตกของจังหวัด ได้แก่อำเภอพระนครศรีอยุธยา อำเภอท่าเรือ อำเภอนครหลวง อำเภอบางปะหัน อำเภอบ้านแพรก อำเภอภาชี อำเภอมหาราช อำเภอวังน้อย และอำเภออุทัย มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 177 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอพระนครศรีอยุธยา 27 โรงเรียน อำเภอวังน้อย 27 โรงเรียน อำเภอบางปะหัน 26 โรงเรียน อำเภออุทัย 26 โรงเรียน อำเภอท่าเรือ 21 โรงเรียน อำเภอภาชี 17 โรงเรียน อำเภอนครหลวง 16 โรงเรียน อำเภอมหาราช 11 โรงเรียน และอำเภอบ้านแพรก 6 โรงเรียน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพระนครศรีอยุธยาเขต 2

สพป.พระนครศรีอยุธยา เขต 2 มีพื้นที่ครอบคลุม 7 อำเภอทางตะวันออกของจังหวัด ได้แก่อำเภอบางซ้าย อำเภอบางไทร อำเภอบางบาล อำเภอบางปะอิน อำเภอผักไห่ อำเภอลาดบัวหลวง และอำเภอเสนา มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 158 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอบางปะอิน 27 โรงเรียน อำเภอเสนา 26 โรงเรียน อำเภอลาดบัวหลวง 25 โรงเรียน อำเภอบางไทร 24 โรงเรียน อำเภอบางบาล 22 โรงเรียน อำเภอผักไห่ 18 โรงเรียน และอำเภอบางซ้าย 16 โรงเรียน

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดพระนครศรีอยุธยามีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 28 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่องค์การบริหารส่วนจังหวัดพระนครศรีอยุธยา (2 โรงเรียน) เทศบาลนครพระนครศรีอยุธยา (8 โรงเรียน) เทศบาลเมือง 2 แห่งได้แก่เทศบาลเมืองผักไห่ (1 โรงเรียน) และเทศบาลเมืองเสนา (1 โรงเรียน) เทศบาลตำบล 10 แห่ง และองค์การบริหารส่วนตำบล 1 แห่งได้แก่องค์การบริหารส่วนตำบลรางจรเข้ (2 โรงเรียน)[5]

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน

โรงเรียนเอกชนในจังหวัดพระนครศรีอยุธยาซึ่งสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชนมีจำนวน 35 โรงเรียน[6]

โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยในกำกับสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา

จังหวัดพระนครศรีอยุธยามีโรงเรียนสาธิตในสังกัดมหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยาจำนวน 3 โรงเรียนได้แก่[7][8][9]