ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดพะเยาตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดพะเยาอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 36[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 2 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสาธิตของมหาวิทยาลัย ซึ่งอยู่ในสังกัดของมหาวิทยาลัยนั้น ๆ
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 34

จังหวัดพะเยาอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา เขต 34 ร่วมกับจังหวัดเชียงราย และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 18 โรงเรียน โดยแบ่งเป็น 2 สหวิทยาเขตได้แก่

• สหวิทยาเขตภูกามยาว รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองพะเยา อำเภอดอกคำใต้ อำเภอแม่ใจ และอำเภอภูกามยาว
• สหวิทยาเขตภูลังกา รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเชียงคำ อำเภอจุน อำเภอปง อำเภอเชียงม่วน และอำเภอภูซาง

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดพะเยามีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 17 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่เทศบาลเมืองพะเยา (6 โรงเรียน) เทศบาลเมืองดอกคำใต้ (1 โรงเรียน) และเทศบาลตำบล 10 แห่ง

โรงเรียนสาธิต

• โรงเรียนสาธิตวิทยาเชียงคำ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ อำเภอเชียงคำ
• โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยพะเยา