ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดสมุทรสาครตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดสมุทรสาครอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 10[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 1 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 10

จังหวัดสมุทรสาครอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 10 ร่วมกับจังหวัดสมุทรสงคราม, จังหวัดเพชรบุรี และจังหวัดประจวบคีรีขันธ์[1] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 11 โรงเรียน โดยแบ่งเป็น 2 สหวิทยาเขต[3]ได้แก่

• สหวิทยาเขตสาครบุรี รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองสมุทรสาคร (เฉพาะโรงเรียนสมุทรสาครวิทยาลัยและโรงเรียนเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระศรีนครินทร์ สมุทรสาคร) และอำเภอบ้านแพ้ว
• สหวิทยาเขตเมืองสมุทร รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองสมุทรสาคร (ยกเว้นโรงเรียนสมุทรสาครวิทยาลัยและโรงเรียนเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระศรีนครินทร์ สมุทรสาคร) และอำเภอกระทุ่มแบน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสมุทรสาคร

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดสมุทรสาครมีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 19 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่องค์การบริหารส่วนจังหวัดสมุทรสาคร (2 โรงเรียน) เทศบาลนคร 2 แห่งได้แก่เทศบาลนครสมุทรสาคร (6 โรงเรียน) และเทศบาลนครอ้อมน้อย (4 โรงเรียน) เทศบาลเมือง 2 แห่งได้แก่เทศบาลเมืองกระทุ่มแบน (2 โรงเรียน) เทศบาลเมืองคลองมะเดื่อ (1 โรงเรียน) และเทศบาลตำบล 4 แห่ง

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน

โรงเรียนเอกชนในจังหวัดสมุทรสาครซึ่งสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชนมีจำนวน 24 โรงเรียน