อ็อยเคินเกิดที่เอาริชในราชอาณาจักรฮันโนเฟอร์ (ปัจจุบันนีเดอร์ซัคเซิน) และศึกษาที่มหาวิทยาลัยเกิททิงเงินและมหาวิทยาลัยเบอร์ลิน อ็อยเคินได้รับปริญญาดุษฎีบัณฑิตจากมหาวิทยาลัยเกิททิงเงินใน ค.ศ. 1866 หลังจากที่ทำงานเป็นครูได้ 5 ปีใน ค.ศ. 1871 อ็อยเคินก็ได้รับแต่งตั้งให้เป็นศาสตราจารย์สาขาวิชาปรัชญาที่มหาวิทยาลัยบาเซิลในประเทศสวิตเซอร์แลนด์ และทำการสอนอยู่ที่นั่นจนถึง ค.ศ. 1874 เมื่อไปรับตำแหน่งใหม่ที่มหาวิทยาลัยเยนาในเยอรมนีในปีเดียวกัน อ็อยเคินทำการสอนอยู่ที่นั่นจนปลดเกษียณใน ค.ศ. 1920 ระหว่าง ค.ศ. 1913 ถึง ค.ศ. 1914 อ็อยเคินเป็นแขกปาฐกถาที่มหาวิทยาลัยนิวยอร์ก อ็อยเคินสมรสใน ค.ศ. 1882 และมีลูกสาวคนหนึ่งกับลูกชายอีกสองคน ลูกชายคนหนึ่งวัลเทอร์ อ็อยเคิน เป็นบุคคลสำคัญในการวางรากฐานความคิดเสรีนิยมใหม่ (neoliberal thought) ทางด้านเศรษฐศาสตร์

อ็อยเคินเสียชีวิตที่เยนาเมื่ออายุได้ 80 ปี

ปรัชญาของอ็อยเคินอยู่บนพื้นฐานของประสบการณ์ของมนุษย์ ที่อ็อยเคินเชื่อว่ามนุษย์มีวิญญาณที่อยู่ระหว่างโลกที่เป็นธรรมชาติ (nature) กับโลกของจิตวิญญาณ (spirit) และเชื่อว่ามนุษย์ควรจะพยายามบรรลุให้ถึงโลกของจิตวิญญาณที่อ็อยเคินเรียกว่า "ethical activism"

It seems as if man could never escape from himself, and yet, when shut in to the monotony of his own sphere, he is overwhelmed with a sense of emptiness. The only remedy here is radically to alter the conception of man himself, to distinguish within him the narrower and the larger life, the life that is straitened and finite and can never transcend itself, and an infinite life through which he enjoys communion with the immensity and the truth of the universe. Can man rise to this spiritual level? On the possibility of his doing so rests all our hope of supplying any meaning or value to life— (R. C. Eucken, Der Sinn und Wert des Lebens, p. 81).

ดูเหมือนกับว่ามนุษย์ไม่สามารถที่จะหนีจากตนเองได้ แต่กระนั้นเมื่อปิดตนเองเข้าไปอยู่ในโลกของตนเองแล้ว มนุษย์ก็จะเต็มไปด้วยความรู้สึกว่างเปล่าอย่างท่วมท้น วิธีเดียวที่จะแก้ได้ก็คือการเปลี่ยนแนวคิดอย่างหน้ามือเป็นหลังมือ โดยการเปลี่ยนแปลงความคิดเกี่ยวกับอัตตา โดยแยกชีวิตที่แคบและกว้างออกจากกัน ชีวิตที่ตรงและมีขอบเขตเป็นชีวิตที่ไม่อาจจะแปรเป็นรูปอื่นได้ ซึ่งเป็นจุดที่จะบรรลุถึงชีวิตอันไม่มีขอบเขตที่เป็นจุดที่มนุษย์สามารถประสานกับความยิ่งใหญ่และสัจจะของจักรวาล มนุษย์เราสามารถบรรลุถึงระดับของโลกทางจิตวิญญาณได้หรือไม่? การที่จะทำได้ก็ขึ้นอยู่กับความหวังในการเข้าใจถึงความหมายหรือคุณค่าของชีวิต— แอร์. เซ. อ็อยเคิน, Der Sinn und Wert des Lebens, หน้า 81