ในปี ค.ศ. 20xx เทคโนโลยีอินเทอร์เน็ตได้ครอบคลุมทุกสิ่งทุกอย่างในชีวิตประจำวันจนกระทั่งมีการสร้างสิ่งมีชีวิตของคอมพิวเตอร์ซึ่งสร้างโดย ดร.ฮิคาริ ทาดาชิ และ ดร.ไวลี่ ซึ่งได้สร้างระบบเน็ตเวิร์ก และสร้างโปรแกรมกับอุปกรณ์ที่มีชื่อว่า PET (PErsonal Terminal) ซึ่งเป็นคอมพิวเตอร์ขนาดเล็ก และได้สร้างพีซีที่มีชื่อว่า เน็ตนาวิ (มีชื่อเต็มว่า เน็ตเวิร์กนาวิเกเตอร์) ซึ่งเป็นตัวโปรแกรมหลักที่ใช้งานของโอเปอเรเตอร์หลักและยังได้ประยุกต์ของเน็ตนาวิเป็นเน็ตแบทเทเลอร์โดยใช้ "แบทเทิลชิป"

หลายปีต่อมา ฮิคาริ เน็ตโตะ (Hikari Netto; หรือ Lan Hikari ในภาคภาษาอังกฤษ) ลูกของ ดร.ฮิคาริ ซึ่งมีคู่หูคือ ร็อคแมนเอ็กเซ่ (Rockman.EXE; หรือ Megaman.EXE ในภาคภาษาอังกฤษ) ก็ได้เข้าต่อกรกับองค์กรอาชญากรคอมพิวเตอร์ WWW (เวิลด์ทรี) ที่นำโดย ดร.ไวลี่ เพื่อปกป้องความสงบสุขของโลกไซเบอร์และโลกมนุษย์